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- PDB-9kq0: Structure of TolQRA complex at pH 8.0 from E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kq0
タイトルStructure of TolQRA complex at pH 8.0 from E.coli
要素
  • Tol-Pal system protein TolQ
  • Tol-Pal system protein TolR
  • Ubiquitin-like protein SMT3,Tol-Pal system protein TolA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TolQRA / TolQ / TolR / TolA / Tol-Pal complex / Proton motive force / proton transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / cell septum assembly / bacteriocin transport / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / toxin transmembrane transporter activity ...cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / cell septum assembly / bacteriocin transport / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / toxin transmembrane transporter activity / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein import / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / virion binding / SUMOylation of RNA binding proteins / cell envelope / SUMOylation of chromatin organization proteins / cell division site / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / transmembrane transporter activity / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / disordered domain specific binding / protein transport / protein domain specific binding / cell division / symbiont entry into host cell / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TolA C-terminal / Tol-Pal system, TolQ / Tol-Pal system protein TolR / Tol-Pal system, TolA / : / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family / Rad60/SUMO-like domain ...TolA C-terminal / Tol-Pal system, TolQ / Tol-Pal system protein TolR / Tol-Pal system, TolA / : / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tol-Pal system protein TolQ / Tol-Pal system protein TolR / Tol-Pal system protein TolA / Small ubiquitin-related modifier
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Dong, C. / Zhang, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of TolQRA complex at pH 8.0 from E.coli
著者: Dong, C. / Zhang, Z.
履歴
登録2024年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tol-Pal system protein TolQ
B: Tol-Pal system protein TolQ
C: Tol-Pal system protein TolQ
D: Tol-Pal system protein TolQ
E: Tol-Pal system protein TolQ
F: Tol-Pal system protein TolR
G: Tol-Pal system protein TolR
H: Ubiquitin-like protein SMT3,Tol-Pal system protein TolA
I: Ubiquitin-like protein SMT3,Tol-Pal system protein TolA
J: Ubiquitin-like protein SMT3,Tol-Pal system protein TolA
K: Ubiquitin-like protein SMT3,Tol-Pal system protein TolA
L: Ubiquitin-like protein SMT3,Tol-Pal system protein TolA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,16012
ポリマ－452,16012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Tol-Pal system protein TolQ


分子量: 25779.844 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655 / 遺伝子: tolQ, fii, b0737, JW0727 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABU9
#2: タンパク質 Tol-Pal system protein TolR


分子量: 15398.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MG1655 / 遺伝子: tolR, b0738, JW0728 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABV6
#3: タンパク質
Ubiquitin-like protein SMT3,Tol-Pal system protein TolA


分子量: 58492.613 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, tolA, cim, excC, lky, b0739, JW0729
株: MG1655 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12306, UniProt: P19934
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tol-Pal system complex TolQRA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
11Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)83333MG1655
21Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 160613 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.6 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00210249
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47313869
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.1021368
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0351638
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031738

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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