PDB-9kpy: Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kpy

タイトル

Structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase (PPAT) from Enterobacter spp. with the expression tag bound in the substrate binding site of a neighbouring molecule at 2.20 A resolution.

要素

Heptapeptide
Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / coaD / PPAT / COENZYME A biosynthesis / EXPRESSION TAG

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. 638 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Protein-tags and their fragments as potent inhibitors of enzymes: Structure of the ternary complex of phosphopantetheine adenylyltransferase from Enterobacter spp. with tag-peptides and ...
著者: Ahmad, N. / Kumar, V. / Goel, V.K. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2024年11月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2024年12月11日	ID: 8I8J
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kpy.cif.gz	216.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kpy.ent.gz	173.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kpy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kpy_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kpy_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	9kpy_validation.xml.gz	50.8 KB	表示
CIF形式データ	9kpy_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/9kpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/9kpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

D: Phosphopantetheine adenylyltransferase

E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

F: Phosphopantetheine adenylyltransferase

H: Heptapeptide

ヘテロ分子

117 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

D: Phosphopantetheine adenylyltransferase

H: Heptapeptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

F: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.966, 78.659, 107.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.121, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT 分子量: 19182.268 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. 638 (バクテリア) 遺伝子: coaD, Ent638_0105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A4W515, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	Heptapeptide 分子量: 653.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. 638 (バクテリア) 遺伝子: coaD, Ent638_0105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-PAE / PHOSPHONOACETIC ACID 分子量: 140.032 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅O₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: BIS-TRIS propane pH 7.0, Sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→41.581 Å / Num. obs: 56390 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 33.7 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.132 / R_rim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 3.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / R_merge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4680 / CC_1/2: 0.395 / R_pim(I) all: 0.723 / R_rim(I) all: 1.024

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→41.581 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.233 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	1135	2.013 %
R_work	0.207	55254	-
all	0.208	-	-
obs	-	56389	96.847 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.442 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.931 Å²	0 Å²	0.099 Å²
2-	-	0.739 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.666 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.581 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7704	0	86	561	8351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	8004
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	7674
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.827	10830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.732	1.745	17676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.437	5	998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.389	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.135	10	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.652	10	341
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	7132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	3949
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.083	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.202	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.061	4.323	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.059	4.322	3979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.874	7.747	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.874	7.748	4974
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.589	4.782	4024
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.588	4.784	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.813	8.605	5854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.812	8.606	5855
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.142	52.868	35901
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.142	52.867	35901

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.402	104	0.307	4095	0.309	4255	0.902	0.927	98.6839	0.306
2.257-2.319	0.34	76	0.296	4048	0.297	4188	0.927	0.936	98.4718	0.293
2.319-2.386	0.33	71	0.291	3900	0.292	4043	0.941	0.94	98.2191	0.286
2.386-2.459	0.332	64	0.271	3800	0.272	3941	0.927	0.948	98.0462	0.265
2.459-2.539	0.354	89	0.268	3642	0.27	3806	0.929	0.951	98.0294	0.263
2.539-2.628	0.346	68	0.258	3530	0.26	3687	0.939	0.956	97.5861	0.253
2.628-2.727	0.282	65	0.231	3404	0.232	3573	0.938	0.965	97.0893	0.225
2.727-2.838	0.259	45	0.209	3298	0.21	3457	0.958	0.972	96.7023	0.206
2.838-2.963	0.267	65	0.22	3090	0.221	3275	0.952	0.968	96.3359	0.224
2.963-3.107	0.326	64	0.22	2963	0.222	3135	0.912	0.97	96.555	0.223
3.107-3.274	0.3	49	0.197	2888	0.199	3021	0.949	0.977	97.2195	0.202
3.274-3.471	0.222	47	0.203	2707	0.203	2839	0.977	0.977	97.006	0.213
3.471-3.709	0.266	66	0.191	2521	0.193	2672	0.956	0.979	96.8189	0.203
3.709-4.004	0.239	79	0.175	2339	0.177	2510	0.962	0.981	96.3347	0.194
4.004-4.382	0.268	46	0.155	2155	0.157	2304	0.954	0.985	95.5295	0.177
4.382-4.892	0.166	48	0.149	1937	0.149	2090	0.983	0.986	94.9761	0.176
4.892-5.636	0.269	41	0.202	1691	0.204	1856	0.96	0.979	93.319	0.242
5.636-6.871	0.284	12	0.213	1461	0.214	1571	0.973	0.978	93.7619	0.252
6.871-9.587	0.154	27	0.133	1136	0.134	1247	0.986	0.99	93.2638	0.173
9.587-41.581	0.224	9	0.175	649	0.175	745	0.975	0.98	88.3221	0.231

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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