PDB-9kpv: Crystal structure of enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kpv

タイトル

Crystal structure of enzyme

要素

GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]

キーワード

LIGASE/ANTIBIOTIC / GMP Synthase / Inhibitor / Complex / Guvermectin / LIGASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

GMP synthase activity / GMP synthase (glutamine-hydrolysing) / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Li, L. / Lin, L.Y. / Liu, C. / Hao, Z.Y. / Zhang, J. / Xiang, W.S. / Yuchi, Z.G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of enzyme
著者: Li, H. / Li, L.

履歴

登録	2024年11月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年1月21日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kpv.cif.gz	381.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kpv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/9kpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/9kpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]

B: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]

C: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]

D: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]

ヘテロ分子

237 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]

C: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]

D: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]

ヘテロ分子

A: GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
237 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	204.343, 78.803, 167.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 123.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	GMP synthase [glutamine-hydrolyzing] / GMP synthetase / Glutamine amidotransferase 分子量: 58750.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: guaA, BWG_2271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C4ZX82, GMP synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-XMP / XANTHOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-MONOPHOSPHATE-9-BETA-D-RIBOFURANOSYL XANTHINE 分子量: 365.213 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₄N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-A1L67 / (2~{R},3~{R},4~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)-5-methylidene-oxolane-3,4-diol 分子量: 279.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.37 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Calcium acetate hydrate, 0.1M MES PH=6.0, 15% v/vPEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 75645 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.937 / CC star: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.209 / R_pim(I) all: 0.087 / R_rim(I) all: 0.227 / Χ²: 0.825 / Net I/σ(I): 2.8 / Num. measured all: 511064

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	6.9	0.664	3816	0.797	0.942	0.271	0.718	0.193	99.6
2.54-2.59	6.6	0.578	3704	0.819	0.949	0.243	0.628	0.212	99.6
2.59-2.64	6.5	0.517	3730	0.856	0.96	0.219	0.563	0.224	99.6
2.64-2.69	7	0.48	3785	0.885	0.969	0.193	0.518	0.26	99.4
2.69-2.75	7	0.436	3708	0.899	0.973	0.175	0.47	0.293	99.7
2.75-2.82	7	0.391	3804	0.905	0.975	0.157	0.422	0.355	99.6
2.82-2.89	7	0.367	3746	0.915	0.978	0.148	0.396	0.398	99.7
2.89-2.96	6.9	0.346	3743	0.918	0.978	0.141	0.374	0.493	99.6
2.96-3.05	6.8	0.313	3772	0.92	0.979	0.129	0.339	0.634	99.8
3.05-3.15	6.4	0.29	3744	0.923	0.98	0.123	0.315	0.788	99.8
3.15-3.26	7	0.273	3781	0.945	0.986	0.11	0.295	0.92	99.8
3.26-3.39	6.8	0.258	3769	0.95	0.987	0.106	0.279	1.093	99.8
3.39-3.55	6.6	0.241	3785	0.941	0.985	0.1	0.261	1.157	99.8
3.55-3.73	7.1	0.233	3774	0.964	0.991	0.093	0.251	1.369	99.9
3.73-3.97	7	0.193	3763	0.972	0.993	0.077	0.208	1.227	100
3.97-4.27	6.8	0.174	3795	0.974	0.993	0.071	0.188	1.366	100
4.27-4.7	6.5	0.169	3812	0.957	0.989	0.073	0.184	1.492	100
4.7-5.38	6.5	0.174	3838	0.954	0.988	0.073	0.19	1.324	100
5.38-6.78	6.9	0.181	3842	0.967	0.992	0.074	0.196	1.304	100
6.78-50	6.2	0.137	3934	0.952	0.988	0.061	0.151	1.424	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.51→48.94 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2738	1983	2.82 %
R_work	0.2049	-	-
obs	0.2069	70361	92.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→48.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14916	0	116	9	15041

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	15358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.053	20894
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.205	2109
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2694

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.57	0.4113	60	0.3191	2082	X-RAY DIFFRACTION	40
2.57-2.64	0.3504	100	0.2631	3574	X-RAY DIFFRACTION	68
2.64-2.72	0.3013	140	0.2442	4830	X-RAY DIFFRACTION	92
2.72-2.8	0.3374	141	0.2455	5147	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8-2.9	0.3174	157	0.2531	5179	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9-3.02	0.3301	156	0.2643	5219	X-RAY DIFFRACTION	99
3.02-3.16	0.3078	147	0.2455	5262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.32	0.3023	153	0.2272	5268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.53	0.2741	155	0.2119	5252	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.8	0.2781	154	0.1993	5265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.19	0.2555	155	0.1725	5298	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-4.79	0.218	158	0.152	5292	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-6.04	0.2288	156	0.1865	5371	X-RAY DIFFRACTION	100
6.04-48.94	0.2533	151	0.1836	5339	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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