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- PDB-9kpq: A ThDP-dependent enzyme belonging to the 1-deoxy-D-xylulose-5-pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kpq
タイトルA ThDP-dependent enzyme belonging to the 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase (DXPS)-like subfamily
要素1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / BoADS is a ThDP-dependent enzyme belonging to the 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase (DXPS)-like subfamily.
機能・相同性
機能・相同性情報


1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / : / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxyxylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase, C-terminal domain / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Xing, B.Y. / Ma, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925021, 82130022, 92357305, 82341226, 82422017, 82288102, 82370812, 92149306, 81921001, 82171627, 82325046 中国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Identification of gut microbial bile acid metabolic enzymes via an AI-assisted pipeline.
著者: Ding, Y. / Luo, X. / Guo, J. / Xing, B. / Lin, H. / Ma, H. / Wang, Y. / Li, M. / Ye, C. / Yan, S. / Lin, K. / Zhang, J. / Zhuo, Y. / Nie, Q. / Yang, D. / Zhang, Z. / Pang, Y. / Wang, K. / Ma, ...著者: Ding, Y. / Luo, X. / Guo, J. / Xing, B. / Lin, H. / Ma, H. / Wang, Y. / Li, M. / Ye, C. / Yan, S. / Lin, K. / Zhang, J. / Zhuo, Y. / Nie, Q. / Yang, D. / Zhang, Z. / Pang, Y. / Wang, K. / Ma, M. / Lai, L. / Jiang, C.
#1: ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis for Salmonella infection by two Microviridae phages.
著者: Wanlong Hu / Zhengjie Liu / Yuming Wei / Qucheng Bian / Weiqi Lan / Chongzheng Fan / Jiaoyang Song / Qianqian Sun / Xiaojie Zhang / Yuqing Liu / Yan Gao / Yibao Chen /
要旨: The global resurgence of multidrug-resistant Salmonella species, responsible for millions of annual infections, underscores the urgent need for alternative antimicrobial strategies, such as phage ...The global resurgence of multidrug-resistant Salmonella species, responsible for millions of annual infections, underscores the urgent need for alternative antimicrobial strategies, such as phage therapy. Microviridae phages offer a promising model for studying phage-host interactions with their unique structural and infection mechanisms. Here, we identify two Microviridae phages, PJNS001 and PJNS002, with different host receptor dependencies, and determine their cryo-EM structures at 2.68 Å and 2.59 Å resolution, respectively. These icosahedral capsids with T = 1 symmetry exhibit a unique vertex reinforcement mechanism, stabilizing the viral assembly. The specific pentameric adaptations, coupled with DNA binding protein engagements and thermodynamic constraints, collectively preclude the formation of hybrid virions. Structural analysis and in situ visualization reveal spike protein features and host-attachment intermediates, informing host specificity. Together, these findings advance our understanding of Microviridae infection mechanisms and provide a structural framework for rational phage design against antibiotic-resistant pathogens.
#2: ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Identification of gut microbial bile acid metabolic enzymes via an AI-assisted pipeline.
著者: Ding, Y. / Luo, X. / Guo, J. / Xing, B. / Lin, H. / Ma, H. / Wang, Y. / Li, M. / Ye, C. / Yan, S. / Lin, K. / Zhang, J. / Zhuo, Y. / Nie, Q. / Yang, D. / Zhang, Z. / Pang, Y. / Wang, K. / Ma, ...著者: Ding, Y. / Luo, X. / Guo, J. / Xing, B. / Lin, H. / Ma, H. / Wang, Y. / Li, M. / Ye, C. / Yan, S. / Lin, K. / Zhang, J. / Zhuo, Y. / Nie, Q. / Yang, D. / Zhang, Z. / Pang, Y. / Wang, K. / Ma, M. / Lai, L. / Jiang, C.
履歴
登録2024年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,4666
ポリマ－130,5672
非ポリマー8994
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area38830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.654, 71.787, 118.447
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase


分子量: 65283.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 遺伝子: DHW41_08530, DWY24_16555, R4E93_11875 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1Y4PZZ8, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→48.66 Å / Num. obs: 46470 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1022 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.42→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.4262 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique obs: 4553

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASES位相決定
PHENIX1.17精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→48.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 9.752 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.606 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25664 2325 5 %RANDOM
Rwork0.19225 ---
obs0.1955 44157 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.42→48.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9138 0 54 345 9537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0139374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.64512713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2821.57820054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.72351166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.97723.951486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.393151581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1491538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9612.414670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9612.4094669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9993.615834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9993.6115835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3632.6624703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2932.6414650
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6873.8636800
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.46728.45310459
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.36628.34110319
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.482 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 168 -
Rwork0.256 3173 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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