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- PDB-9kp9: PfDXR - Mn2+ - NADPH - TAKK443 quaternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kp9
タイトルPfDXR - Mn2+ - NADPH - TAKK443 quaternary complex
要素1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, apicoplastic
キーワードISOMERASE / Inhibitor / Malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / apicoplast / NADPH binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Chem-NDP / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, apicoplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Takada, S. / Sakamoto, Y. / Tanaka, N.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Expanding the Chemical Space of Reverse Fosmidomycin Analogs.
著者: Knak, T. / Takada, S. / Illarionov, B. / Krisilia, V. / Pessanha de Carvalho, L. / Lungerich, B. / Sakamoto, Y. / Hofmann, S. / Bacher, A. / Kalscheuer, R. / Held, J. / Fischer, M. / Tanaka, N. / Kurz, T.
履歴
登録2024年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, apicoplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0214
ポリマ－55,8301
非ポリマー1,1923
水3,567198
1
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, apicoplastic
ヘテロ分子

A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, apicoplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0438
ポリマ－111,6592
非ポリマー2,3846
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area6280 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area31390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.498, 92.498, 105.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, apicoplastic / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / DOXP reductoisomerase / DXP reductoisomerase


分子量: 55829.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: DXR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O96693, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-A1L6A / [(~{S})-(3-hexoxyphenyl)-[2-[methyl(oxidanyl)amino]-2-oxidanylidene-ethyl]sulfanyl-methyl]phosphonic acid


分子量: 391.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26NO6PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.08 M MES-NaOH pH 6.0, 16%(w/v) PEG6000, and 0.16 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.012 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.012 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→80.11 Å / Num. obs: 29428 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 26.76 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.13→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.982 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1440 / CC1/2: 0.527 / Rpim(I) all: 0.429 / Rrim(I) all: 1.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.13→80.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 9.658 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20557 1495 5.1 %RANDOM
Rwork0.16641 ---
obs0.16841 27903 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0.18 Å20 Å2
2---0.35 Å2-0 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.13→80.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3286 0 74 198 3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6841.824636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5411.7777633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3745410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.37158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.04410641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02721
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8152.2121643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8112.2111643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8493.9642052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8483.9662053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6642.5991783
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6632.6011784
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2084.6342585
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.27622.423978
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.221.73945
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.185 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 88 -
Rwork0.26 2057 -
obs--99.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.0609 Å / Origin y: 7.3046 Å / Origin z: 14.0985 Å
111213212223313233
T0.0834 Å20.0278 Å2-0.0384 Å2-0.0484 Å2-0.0244 Å2--0.0412 Å2
L0.8728 °2-0.0379 °20.135 °2-1.5407 °2-0.443 °2--1.3351 °2
S0.0755 Å °0.1679 Å °-0.1186 Å °-0.3394 Å °-0.049 Å °0.1589 Å °0.1035 Å °-0.0753 Å °-0.0265 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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