PDB-9kp8: Crystal structure of FAD-dependent oxidase CpaO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kp8

タイトル

Crystal structure of FAD-dependent oxidase CpaO

要素

alpha-glucosidase,Beta-cyclopiazonate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxidase / FAD-dependent

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-cyclopiazonate dehydrogenase / beta-cyclopiazonate dehydrogenase activity / mating / alpha-1,4-glucosidase activity / alpha-glucosidase / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus oryzae (米麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.179 Å

データ登録者

Chang, C.Y. / Kuo, Y.M. / Cheng, T. / Liang, C.H. / Hsiao, P.Y. / Lin, Y.C. / Wang, N.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of FAD-dependent oxidase CpaO
著者: Chang, C.Y. / Kuo, Y.M. / Cheng, T. / Liang, C.H. / Hsiao, P.Y. / Lin, Y.C. / Wang, N.

履歴

登録	2024年11月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kp8.cif.gz	126.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kp8.ent.gz	91.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kp8_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kp8_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	9kp8_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	9kp8_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/9kp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/9kp8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: alpha-glucosidase,Beta-cyclopiazonate dehydrogenase

ヘテロ分子

61.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.245, 118.245, 68.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質

alpha-glucosidase,Beta-cyclopiazonate dehydrogenase / Maltase / Beta-Cyclopiazonate oxidocyclase / FAD-dependent oxidoreductase cpaO

分子量: 60048.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: AAG, cpaO, AO090026000003 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: A0AA49QBA5, UniProt: Q2UG11, alpha-glucosidase, beta-cyclopiazonate dehydrogenase

#2: 化合物

ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.179→30 Å / Num. obs: 178136 / % possible obs: 98.96 % / 冗長度: 9 % / R_rim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 58.19
反射シェル	解像度: 1.179→1.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.33 / Num. unique obs: 169210 / CC_1/2: 0.941 / R_pim(I) all: 0.148 / R_rim(I) all: 0.431

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
HKL-2000		データ収集
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.179→24.246 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1736	8926	5.011 %
R_work	0.1635	169210	-
all	0.164	-	-
obs	-	178136	98.959 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.425 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.179→24.246 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3434	0	115	697	4246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.017	1.657	5051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.602	1.569	7565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.246	5	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.949	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.219	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.781	10	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.726	10	182
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	866
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.264	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.248	0.2	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.31	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.595	1.496	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.594	1.496	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.953	2.691	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.953	2.692	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.036	1.666	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.037	1.649	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.657	2.992	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.66	2.962	2842
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.593	23.395	4722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.161	18.256	4458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.179-1.209	0.213	683	0.209	12217	X-RAY DIFFRACTION	97.3071
1.209-1.242	0.21	629	0.2	12080	X-RAY DIFFRACTION	98.6035
1.242-1.278	0.19	678	0.19	11722	X-RAY DIFFRACTION	98.734
1.278-1.318	0.204	617	0.186	11451	X-RAY DIFFRACTION	99.1456
1.318-1.361	0.183	585	0.18	11173	X-RAY DIFFRACTION	99.1985
1.361-1.408	0.201	579	0.176	10809	X-RAY DIFFRACTION	99.2591
1.408-1.461	0.188	564	0.17	10423	X-RAY DIFFRACTION	99.6463
1.461-1.521	0.179	543	0.168	10044	X-RAY DIFFRACTION	99.633
1.521-1.588	0.169	476	0.16	9700	X-RAY DIFFRACTION	99.7451
1.588-1.665	0.171	476	0.161	9284	X-RAY DIFFRACTION	99.8465
1.665-1.755	0.171	409	0.163	8844	X-RAY DIFFRACTION	99.9244
1.755-1.861	0.172	496	0.161	8288	X-RAY DIFFRACTION	99.9545
1.861-1.988	0.17	408	0.155	7869	X-RAY DIFFRACTION	99.9879
1.988-2.146	0.162	390	0.15	7322	X-RAY DIFFRACTION	99.9741
2.146-2.349	0.173	318	0.151	6783	X-RAY DIFFRACTION	99.9859
2.349-2.624	0.174	314	0.155	6145	X-RAY DIFFRACTION	99.9845
2.624-3.024	0.169	286	0.161	5411	X-RAY DIFFRACTION	99.8773
3.024-3.689	0.163	225	0.158	4535	X-RAY DIFFRACTION	98.3471
3.689-5.158	0.152	161	0.152	3286	X-RAY DIFFRACTION	90.9259
5.158-10	0.216	89	0.216	1824	X-RAY DIFFRACTION	86.3267

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