PDB-9kos: Crystal structure of RaTG13 RBD complexed with sheep ACE2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kos

タイトル

Crystal structure of RaTG13 RBD complexed with sheep ACE2

要素

Angiotensin-converting enzyme
RaTG13 RBD

キーワード

VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / RaTG13 RBD / sheep ACE2 / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / apical plasma membrane / cilium / proteolysis / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ovis aries (ヒツジ)

Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.74 Å

データ登録者

Lan, J. / Wang, C.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of RaTG13 RBD complexed with sheep ACE2
著者: Lan, J. / Wang, C.H.

履歴

登録	2024年11月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kos.cif.gz	340.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kos.ent.gz	278.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9kos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9kos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (4) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Angiotensin-converting enzyme

E: RaTG13 RBD

ヘテロ分子

91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.965, 171.965, 85.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

Angiotensin-converting enzyme

分子量: 69745.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: JEQ12_019702 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A6P3TFC0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

#2: タンパク質

RaTG13 RBD

分子量: 21956.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Current sequence matches UniProt ID A0A6B9WHD3 with TAX ID 2709072 (Bat coronavirus RaTG13). However, UniProt ID A0A6B9WHD3 is deleted from UniProtKB and can be found in UniParc, https://www. ...
由来: (組換発現)

Bat coronavirus RaTG13 (ウイルス)
発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.22 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M BICINE pH 8.5 20% w/v Polyethylene glycol 10,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.74→50 Å / Num. obs: 13706 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 25.1 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 3.74→3.87 Å / Num. unique obs: 1334 / CC_1/2: 0.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.74→49.51 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2762	1370	10.01 %
R_work	0.2316	-	-
obs	0.2361	13689	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.74→49.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6458	0	14	0	6472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6651
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.718	9025
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.42	878
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	944
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1158

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.74-3.87	0.333	133	0.3027	1199	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.03	0.3416	135	0.2993	1200	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.21	0.3243	133	0.2743	1205	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.43	0.303	134	0.2597	1214	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-4.71	0.3144	136	0.2211	1211	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-5.08	0.2609	136	0.2233	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
5.08-5.58	0.2399	136	0.2331	1222	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-6.39	0.3352	139	0.2441	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
6.39-8.05	0.2095	139	0.2205	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
8.05-49.51	0.238	149	0.177	1331	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2665	-0.4612	-0.4036	3.5576	-0.5416	2.5839	0.5682	-0.0165	-0.1304	0.6714	-0.1373	-0.07	0.4096	-0.1531	-0.2769	1.3498	-0.072	-0.1174	1.0662	-0.1775	1.1197	54.0528	-4.5374	29.3874
2	0.9443	-0.0253	-0.092	1.8476	-1.1828	5.4941	-0.0659	0.0328	-0.1565	-0.3159	0.2003	-0.85	-1.1501	1.8686	0.2396	0.8286	-0.0714	-0.1102	0.9658	-0.079	1.059	66.6235	-24.8673	3.726
3	1.4766	0.0357	1.3752	2.1679	0.2092	1.7261	0.0334	-0.2163	-0.0993	0.0225	-0.0567	0.1788	-0.1477	0.0709	0.061	0.6183	-0.1403	0.0353	0.7791	0.0591	0.8848	46.6739	-23.7747	5.4722
4	0.7525	1.4753	0.9188	0.3411	1.7831	1.228	-0.2717	0.2216	0.279	-0.0412	0.2298	0.1439	0.2173	0.2246	0.0023	1.2385	0.0532	-0.0588	0.8479	-0.0382	1.0013	53.9712	0.2036	-0.5848
5	1.9582	0.2638	0.6267	1.6161	2.3491	2.3492	0.0942	-0.1074	0.0924	-0.3841	-0.1454	0.0874	-0.1991	-0.3611	0.0763	0.8767	0.0084	-0.0121	0.7815	-0.0059	0.8157	43.2246	-17.8599	1.088
6	0.7598	-1.597	0.1239	3.6708	1.3732	3.4955	-0.1727	-0.413	0.6979	1.6925	0.7244	-1.0845	0.4064	0.7085	-0.3525	0.8382	0.1081	-0.071	0.88	-0.0164	1.028	62.383	33.124	32.497
7	4.8363	1.5535	1.0289	4.2429	-0.7964	0.5476	0.0395	1.4052	0.2673	0.2387	0.3448	-0.6217	-0.291	0.9672	-0.3501	1.1431	-0.018	0.1424	1.2487	-0.1473	1.0916	57.2076	38.1592	21.3712
8	1.0754	0.6593	-0.1006	1.0959	-0.5039	0.4498	0.0144	-0.7764	0.4456	0.6242	-0.2618	-0.2205	-0.2206	0.2729	-0.3688	1.209	0.2485	0.0876	1.1205	0.077	1.2359	49.8072	43.7504	24.5232
9	2.4161	-0.2237	-0.4212	3.2241	-0.1843	1.0192	0.1601	0.2914	-0.0604	0.2651	-0.0419	0.0886	0.0276	-0.3332	-0.0763	0.8464	0.0644	-0.0018	0.7189	-0.0292	0.9131	53.352	22.2813	31.7697
10	3.912	4.321	-0.4583	4.6937	-0.5195	0.075	-0.8442	-1.6996	1.4536	1.2036	0.3005	1.2192	0.3561	-0.0415	0.5882	1.9373	-0.0816	0.1828	0.9941	-0.2227	1.4048	49.8811	6.3145	48.8288
11	2.6545	0.2885	-0.8731	0.7151	-0.8986	3.5154	-0.0347	0.34	-0.3282	1.1605	-0.237	-0.583	0.2996	-0.3111	0.3217	1.0275	-0.0041	-0.1063	0.6499	-0.1243	0.8143	56.1106	20.7261	33.2408
12	1.9999	1.9979	1.9997	1.9977	1.9998	1.9993	-1.319	-1.8856	2.6652	0.3574	0.8402	-0.8979	-0.0313	-0.1145	0.5	0.3523	-0.3913	-1.1715	1.4352	0.6068	1.3715	58.0138	52.0191	22.1111

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 109 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 110 through 171 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 172 through 281 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 282 through 430 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 431 through 644 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 333 through 358 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 359 through 379 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 380 through 393 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 394 through 469 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 470 through 479 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 480 through 526 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 527 through 527 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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