PDB-9koq: Crystal structure of an Arylsulfatase from Enterococcus faecium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9koq

タイトル

Crystal structure of an Arylsulfatase from Enterococcus faecium

要素

Sulfatase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / arylsulfatase / phosphotase / Enteroccus faecium

機能・相同性

: / arylsulfatase activity / Sulfatases signature 2. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / : / Sulfatase

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Guo, L. / Huang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an Arylsulfatase from Enterococcus faecium
著者: Guo, L. / Huang, Y.

履歴

登録	2024年11月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9koq.cif.gz	275.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9koq.ent.gz	177.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9koq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9koq_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9koq_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9koq_validation.xml.gz	48.6 KB	表示
CIF形式データ	9koq_validation.cif.gz	69 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9koq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9koq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulfatase

B: Sulfatase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfatase

ヘテロ分子

A: Sulfatase

ヘテロ分子

A: Sulfatase

ヘテロ分子

A: Sulfatase

ヘテロ分子

B: Sulfatase

ヘテロ分子

B: Sulfatase

ヘテロ分子

B: Sulfatase

ヘテロ分子

B: Sulfatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
455 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_565	-x,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y+1/2,x+1/2,z	1
crystal symmetry operation	4_455	y-1/2,-x+1/2,z	1
crystal symmetry operation	1_556	x,y,z+1	1
crystal symmetry operation	2_566	-x,-y+1,z+1	1
crystal symmetry operation	3_556	-y+1/2,x+1/2,z+1	1
crystal symmetry operation	4_456	y-1/2,-x+1/2,z+1	1

2

A: Sulfatase

ヘテロ分子

A: Sulfatase

ヘテロ分子

A: Sulfatase

ヘテロ分子

A: Sulfatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
227 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Sulfatase

ヘテロ分子

B: Sulfatase

ヘテロ分子

B: Sulfatase

ヘテロ分子

B: Sulfatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
227 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.594, 151.594, 97.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2
Space group name Hall	P4ab2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z #3: y+1/2,-x+1/2,z #4: x+1/2,-y+1/2,-z #5: -x+1/2,y+1/2,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-867- HOH

#1: タンパク質	Sulfatase 分子量: 56817.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: pLG1-0063 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3USD6
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8%(w/v) PEG 3350, 200mM Manganese chloride, 100mM Sodium cacodylate pH6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→75.8 Å / Num. obs: 82013 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.96→2.06 Å / 冗長度: 24.3 % / R_merge(I) obs: 1.527 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 11789 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→46.93 Å / SU ML: 0.186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.9747
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1766	2000	2.44 %
R_work	0.1566	79957	-
obs	0.1571	81957	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→46.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7902	0	2	788	8692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	8124
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9769	11000
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0632	1136
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0117	1420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4894	1060

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2	0.2967	140	0.2275	5628	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.2096	141	0.2	5595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.12	0.2174	141	0.1828	5666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.19	0.2076	141	0.1777	5614	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.19-2.27	0.2029	142	0.1621	5680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.36	0.1832	141	0.1632	5642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.46	0.2084	141	0.1653	5668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.59	0.2191	142	0.1684	5666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.76	0.2104	143	0.1657	5704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.97	0.1955	143	0.1706	5710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.27	0.2	143	0.1599	5720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.74	0.1576	144	0.143	5776	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.74-4.71	0.1215	145	0.1233	5819	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-46.93	0.1512	153	0.155	6069	X-RAY DIFFRACTION	99.86

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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