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- PDB-9kop: Crystal structure of the Trove domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kop
タイトルCrystal structure of the Trove domain
要素TROVE domain-containing protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / trove / ro60 / phage
機能・相同性TROVE domain / TROVE domain superfamily / RNA-binding protein RO60 / TROVE domain profile. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding / TROVE domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermus phage phiLo (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Hu, Z. / Huang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171186 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural and molecular mechanisms of an Ro60 homolog from a Thermus bacteriophage.
著者: Hu, Z. / Jin, Z. / Guo, L. / Zeng, L. / Dong, X. / Jiang, L. / Dai, W. / Ma, J. / Huang, Y.
履歴
登録2024年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TROVE domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2102
ポリマ－57,1701
非ポリマー401
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.877, 60.124, 65.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 TROVE domain-containing protein


分子量: 57169.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage phiLo (ファージ) / 遺伝子: phiLo_26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3S7URH6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 4000, 0.1 M MES,pH 6.0, 6% Tacsimate,pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→64.47 Å / Num. obs: 33397 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 25.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4818

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.20.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→49.79 Å / SU ML: 0.1952 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.7762
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 1993 5.97 %
Rwork0.1737 31369 -
obs0.1753 33362 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→49.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3696 0 1 301 3998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00923777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07915117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0605569
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.389513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.040.24341410.21752210X-RAY DIFFRACTION99.92
2.04-2.10.251450.20332207X-RAY DIFFRACTION99.87
2.1-2.160.26251440.19422230X-RAY DIFFRACTION99.96
2.16-2.230.19641380.18132271X-RAY DIFFRACTION99.79
2.23-2.310.23531440.17532220X-RAY DIFFRACTION99.96
2.31-2.40.22261410.18032233X-RAY DIFFRACTION99.87
2.4-2.510.24071420.1752247X-RAY DIFFRACTION99.92
2.51-2.650.2511440.17812229X-RAY DIFFRACTION99.96
2.65-2.810.21021450.17522222X-RAY DIFFRACTION99.87
2.81-3.030.20231410.17872264X-RAY DIFFRACTION99.92
3.03-3.330.18381410.17382236X-RAY DIFFRACTION99.71
3.33-3.820.1841420.162249X-RAY DIFFRACTION99.17
3.82-4.810.15931410.14872240X-RAY DIFFRACTION99.04
4.81-49.790.17871440.18362311X-RAY DIFFRACTION98.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.01934840221 Å / Origin y: 11.4987476931 Å / Origin z: 17.3277668202 Å
111213212223313233
T0.0688851742219 Å2-0.0139142901505 Å2-0.00482253349103 Å2-0.0808478659619 Å20.00992028107034 Å2--0.0658976964623 Å2
L-0.0375771274747 °2-0.0935541841705 °2-0.0612287036822 °2-0.509868015075 °2-0.00598751483485 °2--0.150189116279 °2
S0.0163391972728 Å °0.00896612157062 Å °-0.00476126519729 Å °-0.0713080059232 Å °-0.024766978319 Å °-0.00529269620598 Å °-0.00173005817181 Å °-0.014495394722 Å °1.08448286472E-10 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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