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万見
- PDB-9kon: Solid-state NMR Structure of VsSemiSWEET in Lipid Bilayers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kon
タイトルSolid-state NMR Structure of VsSemiSWEET in Lipid Bilayers
要素Sugar transporter SemiSWEET
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transporter / Dimer / Sugar
機能・相同性identical protein binding / membrane / plasma membrane / Sugar transporter SemiSWEET
機能・相同性情報
生物種Vibrio sp. (バクテリア)
手法個体NMR / molecular dynamics
データ登録者Zhang, Y. / Yang, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22434003 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21927801 中国
Chinese Academy of SciencesYJKYYQ20190032 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22004124 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Diverse regulations of functional dimerization of a sugar transporter by different interfacial lipids
著者: Zhang, Y. / Yang, J.
履歴
登録2024年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar transporter SemiSWEET
B: Sugar transporter SemiSWEET


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8852
ポリマ－17,8852
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1024structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sugar transporter SemiSWEET


分子量: 8942.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio sp. (strain N418) (バクテリア)
遺伝子: VIBRN418_06191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F9RBV9
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NCA
121isotropic12D DARR
131isotropic23D NCACX
141isotropic23D NCOCX
151isotropic23D CONCA
162isotropic12D CORD

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solid148 % w/w [U-13C; U-15N] VsSemiSWEET, 29 % w/w E.coli Lipids, 23 % w/w H2O, 100% H2O15N,13C_Sample100% H2O
solid248 % w/w [2-13C; U-15N] VsSemiSWEET, 29 % w/w E.coli lipids, 23 % w/w H2O, 100% H2O2-13C_Sample100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
48 % w/wVsSemiSWEET[U-13C; U-15N]1
29 % w/wE.coli Lipidsnatural abundance1
23 % w/wH2Onatural abundance1
48 % w/wVsSemiSWEET[2-13C; U-15N]2
29 % w/wE.coli lipidsnatural abundance2
23 % w/wH2Onatural abundance2
試料状態イオン強度: 1 M / Label: conditions_1 / pH: 8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRFAM-SPARKY2.6T. D. Goddard and D. G. Knellerchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.47Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TopSpin3.6Bruker Biospincollection
NMRPipe3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1024 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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