PDB-9ko5: Crystal structure of Agrobacterium tumefaciens PmtA with 5'-methy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ko5

タイトル

Crystal structure of Agrobacterium tumefaciens PmtA with 5'-methylthioadenosine

要素

Methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Phospholipid N-mehyltransferase / Phosphatidylcholine

機能・相同性

Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Watanabe, Y.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Agrobacterium tumefaciens PmtA
著者: Watanabe, Y.

履歴

登録	2024年11月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ko5.cif.gz	151.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ko5.ent.gz	117.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ko5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ko5_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ko5_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9ko5_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	9ko5_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9ko5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9ko5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ko3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase

B: Methyltransferase

C: Methyltransferase

D: Methyltransferase

ヘテロ分子

77.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.611, 76.394, 87.227
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methyltransferase 分子量: 19043.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (strain C58) (バクテリア) 遺伝子: Atu0300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A9CKE9
#2: 化合物	ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE 分子量: 297.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 25% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 64020 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.322 / R_rim(I) all: 0.358 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.04→2.16 Å / R_merge(I) obs: 2.055 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 8449 / CC_1/2: 0.409 / R_rim(I) all: 2.275

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.04→46.7 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	2733	4.89 %
R_work	0.1703	-	-
obs	0.1722	55903	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→46.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5145	0	80	499	5724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5375
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.828	7347
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.337	3192
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	846
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0402-2.0754	0.308	142	0.2689	2555	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0754-2.1131	0.2989	132	0.2486	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1131-2.1538	0.2538	128	0.2257	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1538-2.1978	0.2802	135	0.2178	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1978-2.2455	0.2557	130	0.213	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2455-2.2978	0.2812	141	0.2128	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2978-2.3552	0.2172	142	0.1839	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3552-2.4189	0.2272	137	0.1828	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4189-2.4901	0.2498	124	0.1804	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4901-2.5705	0.2335	155	0.1837	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5705-2.6623	0.2214	117	0.1807	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6623-2.7689	0.2197	133	0.1845	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7689-2.8949	0.2157	143	0.181	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8949-3.0475	0.2083	138	0.1818	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0475-3.2384	0.2275	129	0.1833	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2384-3.4884	0.2378	128	0.1705	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4884-3.8393	0.1974	144	0.151	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8393-4.3944	0.1384	125	0.1339	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3944-5.5351	0.173	144	0.1293	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5351-46.676	0.1783	166	0.1516	2734	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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