PDB-9ko3: Crystal structure of Agrobacterium tumefaciens PmtA with SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ko3

タイトル

Crystal structure of Agrobacterium tumefaciens PmtA with SAH

要素

Methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Phospholipid N-mehyltransferase / Phosphatidylcholine

機能・相同性

Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Watanabe, Y.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Agrobacterium tumefaciens PmtA
著者: Watanabe, Y.

履歴

登録	2024年11月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ko3.cif.gz	156.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ko3.ent.gz	120.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ko3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9ko3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9ko3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ko5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase

B: Methyltransferase

C: Methyltransferase

D: Methyltransferase

ヘテロ分子

77.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.942, 76.378, 87.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methyltransferase 分子量: 19043.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (strain C58) (バクテリア) 遺伝子: Atu0300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A9CKE9
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 25% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 64020 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.979 / R_merge(I) obs: 0.348 / R_rim(I) all: 0.387 / Net I/av σ(I): 6.81 / Net I/σ(I): 2.62
反射シェル	解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 2.105 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 9367 / CC_1/2: 0.454 / R_rim(I) all: 2.333 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→46.6 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2272	3123	4.89 %
R_work	0.1871	-	-
obs	0.1891	63818	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5162	0	109	620	5891

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5420
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.836	7406
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.005	3217
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	851
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	939

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9547-1.9852	0.333	141	0.3406	2546	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9852-2.0178	0.3296	131	0.2788	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0178-2.0526	0.2817	147	0.2674	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0526-2.0899	0.3306	147	0.2641	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0899-2.1301	0.2725	143	0.2445	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1301-2.1736	0.2741	141	0.2297	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1736-2.2209	0.2913	129	0.2262	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2209-2.2725	0.2959	136	0.2352	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2725-2.3293	0.2449	167	0.1978	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3293-2.3923	0.2297	130	0.1896	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3923-2.4627	0.2416	136	0.1851	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4627-2.5422	0.2696	147	0.1989	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5422-2.633	0.2487	136	0.1968	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.633-2.7385	0.2563	132	0.1943	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7385-2.8631	0.2491	144	0.1869	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8631-3.014	0.2408	151	0.1888	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.014-3.2028	0.2114	132	0.1855	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2028-3.45	0.2232	132	0.1717	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.7971	0.1911	144	0.1629	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7971-4.3462	0.1634	134	0.1504	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3462-5.4743	0.1799	151	0.1423	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4743-46.6	0.1962	172	0.1732	2823	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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