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- PDB-9knj: Crystal structure of glycerol-bound full-length PHA synthase (Pha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9knj
タイトルCrystal structure of glycerol-bound full-length PHA synthase (PhaC) from Aeromonas caviae
要素PHA synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PHA synthase / full-length PhaC structure / dimer / tunnel / catalytic triad / glycerol / polyhydroxyalkanoate
機能・相同性Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase, N-terminal domain / Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I / : / Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase (PhaC) N-terminus / poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acyltransferase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / cytoplasm / PHA synthase
機能・相同性情報
生物種Aeromonas caviae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chek, M.F. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Hakoshima, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO)P20005 日本
Japan Science and Technology29A1027 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K5028 日本
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Structures of Polyhydroxyalkanoate Synthase PhaC from Aeromonas caviae, Producing Biodegradable Plastics.
著者: Chek, M.F. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Matsumoto, K. / Sato, S. / Hakoshima, T.
履歴
登録2024年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHA synthase
B: PHA synthase
C: PHA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,67614
ポリマ－199,6633
非ポリマー1,01311
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Monomer-dimer equilibrium, gel filtration, Monomer-dimer equilibrium
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.032, 96.071, 143.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 40 or resid 53...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 5 through 77 or resid 105...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 5 through 40 or resid 53...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERLEULEUAA5 - 407 - 42
d_12GLNGLNLEULEUAA53 - 7755 - 79
d_13GLNGLNLEULEUAA105 - 166107 - 168
d_14ASPASPASNASNAA171 - 194173 - 196
d_15PHEPHEARGARGAA203 - 553205 - 555
d_16GLUGLUPROPROAA558 - 583560 - 585
d_17GOLGOLGOLGOLAF603
d_21SERSERLEULEUBB5 - 777 - 79
d_22GLNGLNLEULEUBB105 - 166107 - 168
d_23ASPASPASNASNBB171 - 194173 - 196
d_24PHEPHEARGARGBB203 - 553205 - 555
d_25GLUGLUPROPROBB558 - 583560 - 585
d_26GOLGOLGOLGOLBK603
d_31SERSERLEULEUCC5 - 407 - 42
d_32GLNGLNLEULEUCC53 - 7755 - 79
d_33GLNGLNASNASNCC105 - 194107 - 196
d_34PHEPHEPROPROCC203 - 583205 - 585
d_35GOLGOLGOLGOLCM601

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.456425170661, -0.889246047369, -0.0302907712805), (-0.887348698739, -0.452417880868, -0.0890525009047), (0.0654854978853, 0.0675242794028, -0.995566231477)5.95315826582, -76.4060249109, 101.288550773
2given(-0.446619192675, -0.893308726761, 0.050307210492), (0.893787775271, -0.442874282119, 0.0707515583807), (-0.0409232148014, 0.0765629736303, 0.996224573858)-72.0007114008, 52.4370521268, -49.3858026235

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要素

#1: タンパク質 PHA synthase


分子量: 66554.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeromonas caviae (バクテリア) / 遺伝子: phaC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32471
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Sodium chloride, glycerol, PEG6000, octyl beta-D-glucopyranoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.999994 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999994 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 59959 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 71.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 14.83
反射 シェル解像度: 2.68→2.84 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Num. unique obs: 9640 / CC1/2: 0.816 / Rrim(I) all: 0.677 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BUCCANEERモデル構築
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→48.04 Å / SU ML: 0.4298 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.8777
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 3808 3.37 %
Rwork0.2101 109092 -
obs0.2115 58604 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12781 0 66 27 12874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004713127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.761217820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05121963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00542298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.54784791
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.30018052713
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.71729752873
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.730.38661460.36664028X-RAY DIFFRACTION98.17
2.73-2.770.38471330.34424035X-RAY DIFFRACTION98.98
2.77-2.810.39321480.33724102X-RAY DIFFRACTION98.88
2.81-2.850.34161300.30394028X-RAY DIFFRACTION98.72
2.85-2.890.36661550.28384076X-RAY DIFFRACTION98.76
2.89-2.940.31411200.28494100X-RAY DIFFRACTION98.76
2.94-2.980.32231540.28554101X-RAY DIFFRACTION98.98
2.98-3.040.33961300.27734046X-RAY DIFFRACTION98.65
3.04-3.090.32521510.27954034X-RAY DIFFRACTION98.61
3.09-3.150.31911450.28564058X-RAY DIFFRACTION98.48
3.15-3.210.35261320.28974044X-RAY DIFFRACTION98.4
3.21-3.280.38951520.27544075X-RAY DIFFRACTION98.12
3.28-3.360.32911280.24793955X-RAY DIFFRACTION97.63
3.36-3.440.28071620.23133997X-RAY DIFFRACTION97.06
3.44-3.540.26751240.23434050X-RAY DIFFRACTION97.07
3.54-3.640.26371440.22464001X-RAY DIFFRACTION98.11
3.64-3.760.2371340.22124013X-RAY DIFFRACTION97.71
3.76-3.890.27521210.22174014X-RAY DIFFRACTION97.16
3.89-4.050.24041450.20573932X-RAY DIFFRACTION95.97
4.05-4.230.26971610.18684054X-RAY DIFFRACTION98.37
4.23-4.460.22841530.17864044X-RAY DIFFRACTION98.61
4.46-4.740.17471580.16534045X-RAY DIFFRACTION98.82
4.74-5.10.22991360.17214121X-RAY DIFFRACTION98.77
5.1-5.610.21731220.18644035X-RAY DIFFRACTION98.53
5.61-6.420.18731530.20963997X-RAY DIFFRACTION97.49
6.42-8.090.26971440.18884061X-RAY DIFFRACTION98.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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