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- PDB-9kng: Crystal structure of human ERRg LBD in complex with 4034496 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kng
タイトルCrystal structure of human ERRg LBD in complex with 4034496
要素
  • Estrogen-related receptor gamma
  • Nuclear receptor-interacting protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / EsRRG / LBD / nuclear receptor / complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


ovarian follicle rupture / AF-2 domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / lipid storage / nuclear steroid receptor activity / histone deacetylase complex / estrogen response element binding / nuclear retinoid X receptor binding ...ovarian follicle rupture / AF-2 domain binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / nuclear glucocorticoid receptor binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / lipid storage / nuclear steroid receptor activity / histone deacetylase complex / estrogen response element binding / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / steroid binding / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / cellular response to estradiol stimulus / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / histone deacetylase binding / fibrillar center / nuclear receptor activity / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription corepressor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / signaling receptor binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 4 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 4 / Oestrogen-related receptor ...Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1, repression domain 4 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 1 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 2 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 3 / Nuclear receptor-interacting protein 1 repression 4 / Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nuclear receptor-interacting protein 1 / Estrogen-related receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Xu, T. / Wang, N. / Liu, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Pharmacol.Sin. / 年: 2025
タイトル: Identification of indoles as potential endogenous ligands of ERR gamma and their modulation on drug binding.
著者: Shuai, Y.Y. / Zhang, H.Y. / Chen, R. / Wang, B.L. / Ding, P. / Dong, Y. / Sun, M.Z. / Wu, X.S. / Xu, Y. / Zhang, Y. / Liu, J.S. / Wang, N. / Xu, T.T.
履歴
登録2024年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen-related receptor gamma
C: Nuclear receptor-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2593
ポリマ－30,0802
非ポリマー1791
水3,531196
1
A: Estrogen-related receptor gamma
C: Nuclear receptor-interacting protein 1
ヘテロ分子

A: Estrogen-related receptor gamma
C: Nuclear receptor-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5186
ポリマ－60,1604
非ポリマー3582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area5350 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.292, 64.292, 137.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-766-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Estrogen-related receptor gamma / ERR gamma-2 / Estrogen receptor-related protein 3 / Nuclear receptor subfamily 3 group B member 3


分子量: 28386.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRG, ERR3, ERRG2, KIAA0832, NR3B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62508
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor-interacting protein 1 / Nuclear factor RIP140 / Receptor-interacting protein 140


分子量: 1692.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48552
#3: 化合物 ChemComp-A1EGD / 6-methyl-1,3-benzothiazole-2,4-diamine


分子量: 179.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30%(w/v) PEG 5000 MME, 0.1M Tris 8.0, 0.2M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97875 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→64.29 Å / Num. obs: 47222 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 29.3 / Num. measured all: 1135439
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.889 / Num. measured all: 33386 / Num. unique obs: 2275 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.231 / Rrim(I) all: 0.921 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→47.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.305 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 2317 4.9 %RANDOM
Rwork0.19153 ---
obs0.19357 44782 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.047 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→47.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1853 0 12 196 2061
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9321.6362636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.561.5834404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1945247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6462586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.18215381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.397155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1932.363946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1932.36945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0483.5351183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0473.5391184
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4562.792995
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4562.792995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1464.0321446
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.17628.842262
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.02128.3032213
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 164 -
Rwork0.278 3234 -
obs--99.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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