PDB-9kn2: Crystallization of zinc metalloproteinase PepO from Porphyromonas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kn2

タイトル

Crystallization of zinc metalloproteinase PepO from Porphyromonas gingivalis

要素

Endopeptidase PepO

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / zinc metalloproteinase / Inhibitor / Complex / Peptidase M13 family

機能・相同性

機能・相同性情報

protein processing / metalloendopeptidase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Feng, C.Y. / Feng, C.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Structural and biochemical characterization of a zinc metallopeptidase from Porphyromonas gingivalis.
著者: Feng, C. / Yu, W. / Jiang, Y. / Xia, R.

履歴

登録	2024年11月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kn2.cif.gz	210.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kn2.ent.gz	130.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kn2_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kn2_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9kn2_validation.xml.gz	39.6 KB	表示
CIF形式データ	9kn2_validation.cif.gz	60.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/9kn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/9kn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Endopeptidase PepO

ヘテロ分子

77.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.190, 121.190, 199.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-804- HOH
2	1	A-1585- HOH
3	1	A-1726- HOH

#1: タンパク質	Endopeptidase PepO / PHOSPHORAMIDON 分子量: 76364.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア) 遺伝子: pepO, PG_0159 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q7MXL5
#2: 化合物	ChemComp-RDF / N-ALPHA-L-RHAMNOPYRANOSYLOXY(HYDROXYPHOSPHINYL)-L-LEUCYL-L-TRYPTOPHAN / PHOSPHORAMIDON タイプ: peptide-like / 分子量: 543.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₄N₃O₁₀P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 963 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.29 %
結晶化	温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→31.84 Å / Num. obs: 92725 / % possible obs: 98.42 % / 冗長度: 20.4 % / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.04→2.12 Å / R_merge(I) obs: 0.836 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 8111 / % possible all: 87.24

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.04→31.84 Å / SU ML: 0.1739 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.843
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1901	4579	4.94 %
R_work	0.1639	88146	-
obs	0.1652	92725	98.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→31.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5263	0	48	963	6274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102	5429
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9904	7338
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0562	762
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0097	956
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.8642	723

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.07	0.2515	88	0.2041	1888	X-RAY DIFFRACTION	63.82
2.07-2.09	0.2491	163	0.1982	2908	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.09-2.12	0.2121	162	0.1854	2902	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.12-2.14	0.2075	145	0.1854	2915	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.14-2.17	0.2442	126	0.1826	2940	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.17-2.2	0.2107	133	0.1731	2945	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.2-2.23	0.1898	139	0.1664	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.23-2.27	0.2197	151	0.1744	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.27-2.3	0.2297	154	0.1715	2939	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.3-2.34	0.1988	141	0.1701	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.34-2.38	0.2316	168	0.1734	2935	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.38-2.42	0.1921	185	0.1752	2903	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.42-2.47	0.2071	156	0.1748	2920	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.47-2.52	0.2083	164	0.173	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.52-2.57	0.2133	154	0.1787	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.57-2.63	0.2169	164	0.1789	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.63-2.7	0.1998	146	0.182	2952	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.7-2.77	0.2102	141	0.1794	2976	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.77-2.85	0.2191	156	0.1803	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.85-2.95	0.1831	163	0.1764	2965	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.95-3.05	0.2033	142	0.1782	2981	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.05-3.17	0.1992	145	0.1761	3005	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.17-3.32	0.1863	173	0.1694	2960	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.32-3.49	0.1806	159	0.1602	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.71	0.1781	173	0.1477	2984	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.71-4	0.1731	174	0.1378	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4-4.4	0.1513	129	0.1327	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-5.03	0.1696	149	0.1307	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
5.03-6.33	0.1936	169	0.1702	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.33-31.84	0.1514	167	0.1663	3260	X-RAY DIFFRACTION	99.83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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