[日本語] English
万見
- PDB-9kmy: Bat MERSr-CoV NeoCoV Nsp1 bound to the Human 40S Ribosomal subuni... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kmy
タイトルBat MERSr-CoV NeoCoV Nsp1 bound to the Human 40S Ribosomal subunit-State2
要素
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 34
  • 18S ribosomal RNA
  • ORF1ab polyprotein
キーワードRIBOSOME / 40S / Nsp1 / betacoronaviruses / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / IRE1-RACK1-PP2A complex ...negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / IRE1-RACK1-PP2A complex / nucleolus organization / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / supercoiled DNA binding / neural crest cell differentiation / NF-kappaB complex / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / oxidized purine DNA binding / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of bicellular tight junction assembly / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / negative regulation of phagocytosis / rRNA modification in the nucleus and cytosol / erythrocyte homeostasis / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / protein kinase A binding / ion channel inhibitor activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / pigmentation / Translation initiation complex formation / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of Wnt signaling pathway / fibroblast growth factor binding / monocyte chemotaxis / positive regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of translational frameshifting / TOR signaling / Protein hydroxylation / BH3 domain binding / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / iron-sulfur cluster binding / regulation of cell division / cellular response to ethanol / mTORC1-mediated signalling / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of GTPase activity / host cell membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Viral mRNA Translation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / phagocytic cup / regulation of translational fidelity / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of protein binding / Protein methylation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spindle assembly / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of cell cycle / gastrulation / translation initiation factor binding / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / Maturation of protein E / Maturation of protein E / signaling adaptor activity / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of microtubule polymerization / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / negative regulation of protein ubiquitination
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 ...RNA-dependent RNA polymerase, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus / NSP3, SUD-C domain, MERS-CoV-like / AAA domain / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / ORF1ab polyprotein / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / ORF1ab polyprotein / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yuan, S. / Yan, R. / Wu, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Strategic Variations in Sarbecovirus and Merbecovirus Nsp1 Linker Regions for Ribosomal Rotation Defense
著者: Yan, R. / Wu, M. / Yuan, S.
履歴
登録2024年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2: 18S ribosomal RNA
A: Small ribosomal subunit protein uS2
B: Small ribosomal subunit protein eS1
C: Small ribosomal subunit protein uS5
D: Small ribosomal subunit protein uS3
E: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform
F: Small ribosomal subunit protein uS7
G: Small ribosomal subunit protein eS6
H: Small ribosomal subunit protein eS7
I: Small ribosomal subunit protein eS8
J: Small ribosomal subunit protein uS4
K: Small ribosomal subunit protein eS10
L: Small ribosomal subunit protein uS17
M: Small ribosomal subunit protein eS12
N: Small ribosomal subunit protein uS15
O: Small ribosomal subunit protein uS11
P: Small ribosomal subunit protein uS19
Q: Small ribosomal subunit protein uS9
R: Small ribosomal subunit protein eS17
S: Small ribosomal subunit protein uS13
T: Small ribosomal subunit protein eS19
U: Small ribosomal subunit protein uS10
V: Small ribosomal subunit protein eS21
W: Small ribosomal subunit protein uS8
X: Small ribosomal subunit protein uS12
Y: Small ribosomal subunit protein eS24
Z: Small ribosomal subunit protein eS25
a: Small ribosomal subunit protein eS26
b: Small ribosomal subunit protein eS27
c: Small ribosomal subunit protein eS28
d: Small ribosomal subunit protein uS14
e: Small ribosomal subunit protein eS30
f: Small ribosomal subunit protein eS31
g: Small ribosomal subunit protein RACK1
h: Small ribosomal subunit protein eS32
n: ORF1ab polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,233,90436
ポリマ－1,233,90436
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Small ribosomal subunit protein ... , 34種, 34分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 40S ribosomal ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 40S ribosomal protein SA / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4


分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPSA, LAMBR, LAMR1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S3a / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS3A, FTE1, MFTL / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS2, RPS4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS3, OK/SW-cl.26 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / 40S ribosomal protein S4 / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS4X, CCG2, RPS4, SCAR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 40S ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS6 / 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33


分子量: 28779.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6, OK/SW-cl.2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS7 / 40S ribosomal protein S7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS8 / 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS8, OK/SW-cl.83 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS10 / 40S ribosomal protein S10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS10 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS12 / 40S ribosomal protein S12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS12 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 40S ribosomal protein S13


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS13 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S14


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS14, PRO2640 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 40S ribosomal protein S15 / RIG protein


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS15, RIG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 40S ribosomal protein S16


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS16 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS17 / 40S ribosomal protein S17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS17, RPS17L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS18, D6S218E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS19 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS20 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS21 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS15A, OK/SW-cl.82 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 40S ribosomal protein S23


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS23 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24 / 40S ribosomal protein S24


分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS24 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#27: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS25 / 40S ribosomal protein S25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS25 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851
#28: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS26 / 40S ribosomal protein S26


分子量: 11516.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS26 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#29: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27 / 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1


分子量: 9210.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27, MPS1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#30: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS28 / 40S ribosomal protein S28


分子量: 7007.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS28 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#31: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 40S ribosomal protein S29


分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS29 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS30 / 40S ribosomal protein S30


分子量: 6302.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAU / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62861
#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS31 / 40S ribosomal protein S27a


分子量: 8774.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27A, UBA80, UBCEP1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979
#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein RACK1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein C kinase 1


分子量: 34857.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RACK1, GNB2L1, HLC7, PIG21 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244
#35: タンパク質・ペプチド Small ribosomal subunit protein eS32 / 60S ribosomal protein L41 / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPL41 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 2n

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 602777.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 2845463023
#36: タンパク質 ORF1ab polyprotein / Non-structural protein 1


分子量: 21405.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2YRH0

-
詳細

Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: The complex of Bat MERSr-CoV NeoCoV Nsp1 and Human 40S Ribosomal subunit
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)1335626
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Escherichia coli (大腸菌)562
21Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104004 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る