PDB-9kms: CRP antigen-antibody2 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kms

タイトル

CRP antigen-antibody2 complex

要素

C-reactive protein
CRP antibody2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CRP / Antigen-Antibody complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of interleukin-8 production / opsonization / complement component C1q complex binding / low-density lipoprotein particle binding / vasoconstriction / choline binding / negative regulation of mononuclear cell proliferation / Classical antibody-mediated complement activation / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å

データ登録者

Li, Y.j.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRP antigen-antibody2 complex
著者: Li, Y.j.

履歴

登録	2024年11月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kms.cif.gz	429.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kms.ent.gz	358.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kms_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kms_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9kms_validation.xml.gz	78.6 KB	表示
CIF形式データ	9kms_validation.cif.gz	109.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/9kms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/9kms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62443MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: C-reactive protein

D: CRP antibody2

A: C-reactive protein

B: CRP antibody2

E: C-reactive protein

F: CRP antibody2

G: C-reactive protein

H: CRP antibody2

I: C-reactive protein

J: CRP antibody2

182 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	C-reactive protein / CRP antigen / C-reactive protein pentamer 分子量: 23068.039 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRP, PTX1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02741
#2: 抗体	CRP antibody2 分子量: 13379.993 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: The pentamer complex of CRP antigen and antibody2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	1	Homo sapiens (ヒト)	9606
2	1	Vicugna pacos (アルパカ)	30538

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

緩衝液

pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 30 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
10	cryoSPARC	初期オイラー角割当
11	cryoSPARC	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	分類

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₅ (5回回転対称)

3次元再構成

解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 202250 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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