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- PDB-9km1: Crystal Structure of the bromodomain of human BRD9 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9km1
タイトルCrystal Structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with the inhibitor Y22077
要素Bromodomain-containing protein 9
キーワードPROTEIN BINDING / BRD9 / bromodomain / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / : / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / : / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / : / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Chen, Z. / Zhang, C. / Xu, H. / Wu, X. / Zhang, Y. / Xu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFE0210600 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2025
タイトル: Key imidazolyl groups that induce phenylalanine flipping enhance the efficacy of oral BRD9 inhibitors for AML treatment
著者: Chen, Z. / Zhang, C. / Shen, H. / Xu, H. / Huang, Y. / Dong, R. / Tang, X. / Chai, S. / Li, J. / Xu, J. / Zhang, X. / Zhang, Y. / Wu, X. / Xu, Y.
履歴
登録2024年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 9
B: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7706
ポリマ－34,8672
非ポリマー9034
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.820, 68.290, 145.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8


分子量: 17433.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物 ChemComp-A1EFZ / 1-[1-[4-(imidazol-1-ylmethyl)-3,5-dimethoxy-phenyl]indolizin-3-yl]propan-1-one


分子量: 389.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→72.82 Å / Num. obs: 8990 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 74423
反射 シェル解像度: 2.68→2.81 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.638 / Num. measured all: 9564 / Num. unique obs: 1147 / CC1/2: 0.828 / Rpim(I) all: 0.236 / Rrim(I) all: 0.682 / Net I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→72.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 14.626 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.775 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29959 460 5.1 %RANDOM
Rwork0.24978 ---
obs0.25249 8490 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.78 Å20 Å2-0 Å2
2---2.73 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.68→72.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1708 0 66 5 1779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191822
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4542.0072445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9933.0083991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1865207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.78323.5978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.29115332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg31.087158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1417.102834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1077.1833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.40910.6471039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.41610.6511040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8417.252988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8417.252988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.09710.7251407
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.64180.6622087
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.6480.6672088
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6320 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.747 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 30 -
Rwork0.306 623 -
obs--99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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