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万見
- PDB-9kl0: Structure of hSGLT2-MAP17 complex in the substrate-free inward-fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kl0
タイトルStructure of hSGLT2-MAP17 complex in the substrate-free inward-facing conformation in the presence of potassium
要素
  • PDZK1-interacting protein 1
  • Sodium/glucose cotransporter 2
  • mFab90-H
  • mFab90-L
キーワードTRANSPORT PROTEIN / glucose transporter / SGLT / sodium glucose transporter / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


low-affinity D-glucose:sodium symporter activity / Defective SLC5A2 causes renal glucosuria (GLYS1) / alpha-glucoside transport / alpha-glucoside transmembrane transporter activity / D-glucose:sodium symporter activity / renal D-glucose absorption / hexose transmembrane transport / D-glucose import across plasma membrane / Cellular hexose transport / D-glucose transmembrane transporter activity ...low-affinity D-glucose:sodium symporter activity / Defective SLC5A2 causes renal glucosuria (GLYS1) / alpha-glucoside transport / alpha-glucoside transmembrane transporter activity / D-glucose:sodium symporter activity / renal D-glucose absorption / hexose transmembrane transport / D-glucose import across plasma membrane / Cellular hexose transport / D-glucose transmembrane transporter activity / sodium ion import across plasma membrane / sodium ion transport / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PDZK1-interacting protein 1/SMIM24 / Membrane-associated protein 117 kDa, PDZK1-interacting protein 1 / Sodium:solute symporter family signature 2. / Sodium:solute symporter family signature 1. / Sodium/solute symporter, conserved site / Sodium/solute symporter / Sodium/glucose symporter superfamily / Sodium:solute symporter family / Sodium:solute symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/glucose cotransporter 2 / PDZK1-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Chen, L. / Cui, W. / Sun, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430050 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32225027 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanism of substrate recognition and release of human SGLT2.
著者: Wenhao Cui / Zejian Sun / Jiaxuan Xu / Xiaoyu Liu / Yunlu Kang / Lei Chen /
要旨: Glucose is a vital energy source essential for life and human health. Sodium-glucose cotransporter 2 (SGLT2) is a sodium-glucose symporter that utilizes the electrochemical gradient of sodium to ...Glucose is a vital energy source essential for life and human health. Sodium-glucose cotransporter 2 (SGLT2) is a sodium-glucose symporter that utilizes the electrochemical gradient of sodium to reabsorb glucose from kidney filtrate back into circulation. SGLT2 plays a crucial role in maintaining blood glucose homeostasis and is an important drug target for type 2 diabetes. Despite its significance, the mechanisms by which SGLT2 recognizes and releases substrates during its transport cycle remain largely unknown. Here, we present structures of human SGLT2 in complex with a glucose analogue in the occluded conformation at 2.6 Å resolution, revealing a detailed hydrogen bonding network at the substrate binding site that governs substrate recognition. Additionally, structures of SGLT2 in both the substrate-bound inward-facing conformation and the substrate-free inward-facing conformations illustrate the structural changes that occur during substrate release into cytosol. Our structural analysis, combined with mutagenesis results, identifies specific polar interactions that are essential for maintaining the outer and inner gates in their closed conformations.
履歴
登録2024年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/glucose cotransporter 2
B: PDZK1-interacting protein 1
H: mFab90-H
L: mFab90-L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1994
ポリマ－104,1994
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Sodium/glucose cotransporter 2 / Na(+)/glucose cotransporter 2 / Low affinity sodium-glucose cotransporter / Solute carrier family 5 member 2


分子量: 72949.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC5A2, SGLT2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31639
#2: タンパク質 PDZK1-interacting protein 1 / 17 kDa membrane-associated protein / Protein DD96


分子量: 12235.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDZK1IP1, MAP17 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13113
#3: タンパク質 mFab90-H


分子量: 9975.288 Da / 分子数: 1
Fragment: Author stated: The antibody was developed using hybridoma technique and no molecular biology process was involved. Therefore, neither we nor the company know the sequences of Fab.
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: タンパク質 mFab90-L


分子量: 9039.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human SGLT2-MAP17-mFab90 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 486883 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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