PDB-9kkv: Structure-guided interface engineering for modifying substrate bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kkv

タイトル

Structure-guided interface engineering for modifying substrate binding and catalytic activity of 2-keto-3-deoxy-D-xylonate dehydratase

要素

Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

キーワード

CARBOHYDRATE / apo

機能・相同性

: / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / isomerase activity / hydrolase activity / DIHYDROGENPHOSPHATE ION / AMMONIUM ION / Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

機能・相同性情報

生物種

Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Liang, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural directed engineering of 2-keto-3-deoxy-D-xylonate dehydratase for improving catalytic activity
著者: Liang, B.

履歴

登録	2024年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kkv.cif.gz	318.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kkv.ent.gz	257.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kkv_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kkv_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	9kkv_validation.xml.gz	43.6 KB	表示
CIF形式データ	9kkv_validation.cif.gz	63.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/9kkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/9kkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kktC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

A: Fumarylacetoacetate hydrolase family protein

ヘテロ分子

82.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.808, 101.808, 211.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-976- HOH
2	1	A-1024- HOH

#1: タンパク質	Fumarylacetoacetate hydrolase family protein / 2-keto-3-deoxy-D-xylonate dehydratase apo from Caulobacter crescentus 分子量: 41166.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) 遺伝子: xylX, CCNA_00866 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H3C4T2, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位
#2: 化合物	ChemComp-2HP / DIHYDROGENPHOSPHATE ION 分子量: 96.987 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION 分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 2.0 M Ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→50.34 Å / Num. obs: 217416 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 101.81
反射シェル	解像度: 1.77→1.82 Å / Num. unique obs: 15928 / CC_1/2: 0.996

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1.5286)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PHASER	2.7.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→50.34 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	3801	1.84 %
R_work	0.1743	-	-
obs	0.1748	206646	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→50.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5731	0	23	939	6693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.779
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.15	2178
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	895
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1069

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.79	0.3034	141	0.3025	7564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.82	0.335	144	0.3206	7487	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.84	0.2868	142	0.2594	7457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.285	144	0.2261	7504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.9	0.2427	144	0.2094	7553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.92	0.2568	139	0.2008	7485	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.2091	142	0.1954	7508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.2244	139	0.1898	7490	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.03	0.2301	143	0.1881	7553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.07	0.1916	141	0.1823	7485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.11	0.2209	144	0.1758	7502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.1976	135	0.1697	7556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.2	0.2038	143	0.1729	7504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.26	0.2071	143	0.173	7514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.32	0.2088	143	0.1785	7513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.39	0.221	138	0.178	7507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.46	0.1716	141	0.1776	7497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.55	0.1958	143	0.1729	7531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.65	0.2441	140	0.1725	7488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.78	0.2266	143	0.1818	7536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.92	0.1841	136	0.1705	7497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.11	0.1913	142	0.1688	7519	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.34	0.1893	136	0.1601	7529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.68	0.1711	144	0.1502	7501	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-4.21	0.1679	134	0.143	7534	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-5.31	0.1549	138	0.1403	7518	X-RAY DIFFRACTION	100
5.31-50.34	0.2106	139	0.1794	7513	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4719	-1.7987	0.4092	2.9806	0.7785	1.682	-0.0616	-0.2941	-0.4521	0.3267	0.0648	0.0458	0.5233	0.1362	-0.0145	0.2797	0.1119	-0.015	0.2868	0.1166	0.1905	-15.4711	14.3203	2.11
2	0.7558	0.1374	0.6663	1.2121	0.3749	1.4191	0.0025	-0.3379	-0.2441	0.3281	0.0427	-0.0388	0.3087	0.0426	-0.0443	0.2195	0.0928	0.0079	0.3057	0.0778	0.1678	-17.6486	19.3855	0.2445
3	6.6524	-1.8872	1.3884	6.9504	4.6308	8.5913	0.4292	1.0118	-1.0415	-1.0667	-0.2497	-0.5891	1.222	-0.1352	-0.2047	0.8011	0.0708	0.0029	0.444	-0.1959	0.6662	-22.1537	6.6094	-41.9558
4	4.2597	-0.1569	0.4005	1.4825	0.5813	4.9381	0.1079	0.8634	-0.7267	-0.8375	0.0092	-0.5767	0.5447	0.5843	-0.1097	0.5266	0.1024	0.1665	0.4565	-0.1272	0.4131	-17.0894	15.6131	-42.42
5	1.0322	-0.1589	0.1171	0.7623	-0.2069	1.2214	-0.0356	-0.0929	-0.2713	-0.0064	0.0304	0.0303	0.3488	-0.0079	-0.0084	0.1706	0.0236	0.027	0.1135	0.0211	0.1676	-25.6222	14.9964	-17.2531
6	3.7907	0.0426	-2.1733	0.0003	-0.0275	1.9617	-0.1625	-0.0487	-0.6254	-0.2069	-0.2043	-0.2433	0.4958	-0.0313	0.3312	0.2526	0.0496	0.0146	0.2004	-0.0282	0.2376	-16.6383	12.487	-22.9626
7	2.11	0.3839	0.1795	2.9432	0.0914	1.7838	-0.0496	0.0781	-0.4243	-0.1467	0.0462	0.0035	0.4166	-0.1524	0.0129	0.1531	0.0129	0.0253	0.1792	-0.0058	0.164	-24.4682	16.7518	-20.2257
8	1.6168	0.2793	0.2722	1.9875	0.5182	1.1274	-0.0256	-0.1656	-0.2174	0.1633	-0.0293	0.0806	0.3037	-0.0656	0.0464	0.1833	0.0208	0.0397	0.1673	0.0878	0.1158	-29.862	15.7846	-5.2096
9	6.5269	-2.429	-0.2484	3.0722	0.0741	1.8325	0.1094	0.2206	0.3427	-0.083	-0.0998	0.04	-0.475	-0.0845	-0.0239	0.1863	0.0654	0.0264	0.1645	-0.0448	0.1265	-35.8786	54.3798	-9.9804
10	0.4549	0.1609	-0.0266	1.2612	0.9523	2.1337	-0.0135	-0.08	0.0841	0.0255	0.0784	-0.0064	-0.1288	0.0183	-0.0617	0.0609	0.0312	0.0186	0.1209	-0.0096	0.1142	-34.2542	45.4632	-14.9052
11	3.91	2.8243	-0.5592	2.5997	-0.8003	0.3604	-0.1435	0.2277	0.0016	-0.27	0.2031	0.1704	0.1518	-0.2199	-0.0576	0.1539	-0.0372	-0.0301	0.1825	0.0069	0.1578	-47.8622	26.676	-40.0498
12	0.5732	0.1016	0.114	0.6001	0.0332	0.9915	-0.0462	-0.0199	0.0094	-0.0255	0.0474	0.0307	-0.028	-0.0696	-0.0026	0.0663	0.009	0.013	0.1124	-0.0067	0.0845	-34.7439	39.6691	-23.8031

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 2 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 33 through 104 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 105 through 135 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 136 through 159 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 160 through 282 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 283 through 304 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 305 through 333 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 334 through 384 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 2 through 32 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 33 through 120 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 121 through 158 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 159 through 384 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)