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- PDB-9kkg: High resolution structure of Ferredoxin-NADP+ reductase from maiz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kkg
タイトルHigh resolution structure of Ferredoxin-NADP+ reductase from maize root - Oxidized form, low X-ray dose
要素Ferredoxin--NADP reductase, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / electron transfer / Flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / photosynthesis / chloroplast / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Ferredoxin--NADP reductase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Uenaka, M. / Ohnishi, Y. / Tanaka, H. / Kurisu, G.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJSP2138 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: Redox-dependent hydrogen-bond network rearrangement of ferredoxin-NADP + reductase revealed by high-resolution X-ray and neutron crystallography.
著者: Uenaka, M. / Ohnishi, Y. / Ise, A. / Yu, J. / Yano, N. / Kusaka, K. / Tanaka, H. / Kurisu, G.
履歴
登録2024年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin--NADP reductase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1066
ポリマ－34,8481
非ポリマー1,2575
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.290, 59.290, 187.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Ferredoxin--NADP reductase, chloroplastic / FNR


分子量: 34848.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 542713, ZEAMMB73_Zm00001d034345 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4G043, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→45.02 Å / Num. obs: 136343 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 10.97 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 6686 / CC1/2: 0.895

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H59

5h59


解像度: 1.15→45.02 Å / SU ML: 0.0935 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 13.1738
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1585 6811 5 %
Rwork0.142 129525 -
obs0.1428 136336 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→45.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2435 0 83 430 2948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00593001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94824094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0888414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087552
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7203482
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.160.20382270.18114300X-RAY DIFFRACTION99.63
1.16-1.180.18352210.16154175X-RAY DIFFRACTION99.68
1.18-1.190.18772300.1554292X-RAY DIFFRACTION99.65
1.19-1.210.18562230.15214223X-RAY DIFFRACTION99.17
1.21-1.220.14382270.14524263X-RAY DIFFRACTION99.89
1.22-1.240.16432250.14584283X-RAY DIFFRACTION100
1.24-1.260.16412280.1454296X-RAY DIFFRACTION100
1.26-1.280.15542170.14654232X-RAY DIFFRACTION100
1.28-1.30.21042260.16214264X-RAY DIFFRACTION99.98
1.3-1.320.18142200.15374334X-RAY DIFFRACTION100
1.32-1.340.16982260.14314229X-RAY DIFFRACTION100
1.34-1.360.17162260.13784311X-RAY DIFFRACTION100
1.36-1.390.16262300.12874264X-RAY DIFFRACTION99.96
1.39-1.420.1672250.12454292X-RAY DIFFRACTION99.98
1.42-1.450.14462230.124318X-RAY DIFFRACTION99.98
1.45-1.480.15372260.11744305X-RAY DIFFRACTION99.98
1.48-1.520.14922280.12184299X-RAY DIFFRACTION99.93
1.52-1.560.12812250.12264306X-RAY DIFFRACTION99.98
1.56-1.610.14822220.12824312X-RAY DIFFRACTION99.89
1.61-1.660.14062220.12954268X-RAY DIFFRACTION99.84
1.66-1.720.13572290.12734304X-RAY DIFFRACTION99.93
1.72-1.790.14882290.13164338X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.870.14082340.13094335X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.970.14282310.12964321X-RAY DIFFRACTION99.96
1.97-2.090.15752310.13564362X-RAY DIFFRACTION99.98
2.09-2.250.15632240.14044352X-RAY DIFFRACTION99.98
2.25-2.480.13712280.1474404X-RAY DIFFRACTION99.89
2.48-2.840.17872320.15244421X-RAY DIFFRACTION99.83
2.84-3.570.17722320.15094445X-RAY DIFFRACTION99.85
3.57-45.020.15952440.1544677X-RAY DIFFRACTION99.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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