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- PDB-9kk0: Solution structure of kappa-conotoxin RIIIJ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kk0
タイトルSolution structure of kappa-conotoxin RIIIJ
要素Kappa-conotoxin RIIIJ
キーワードTOXIN / kappa-conotoxin / protein
機能・相同性potassium channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Kappa-conotoxin RIIIJ
機能・相同性情報
生物種Conus radiatus (クリイロイモ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Lushpa, V.A. / Vassilevski, A.A. / Bocharov, E.V. / Olivera, B.M. / Rivier, J.E. / Raghuraman, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of kappa-conotoxin RIIIJ
著者: Lushpa, V.A. / Vassilevski, A.A. / Bocharov, E.V. / Olivera, B.M. / Rivier, J.E. / Raghuraman, S.
履歴
登録2024年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kappa-conotoxin RIIIJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8191
ポリマ－2,8191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Kappa-conotoxin RIIIJ / Kappa-M-RIIIJ


分子量: 2819.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus radiatus (クリイロイモ) / 参照: UniProt: P0CG45
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
152isotropic12D 1H-1H NOESY
162isotropic12D 1H-1H TOCSY
172isotropic12D 1H-1H COSY
182isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution195 % H2O, 5 % D-99.8% D2O, 0.001 % sodium azide, 95% H2O/5% D2Onatural abundance95% H2O/5% D2O
solution2100 % D-99.8% D2O, 0.001 % sodium azide, 100% D2Onatural abundance100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
95 %H2Onatural abundance1
5 %D2OD-99.8%1
0.001 %sodium azidenatural abundance1
100 %D2OD-99.8%2
0.001 %sodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: Null Not defined / Label: 1 / pH: 3.95 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpin3.4Bruker Biospincollection
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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