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- PDB-9khw: A DNA-stabilized atomically precise silver nanorod with emission ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9khw
タイトルA DNA-stabilized atomically precise silver nanorod with emission at 960 nm
要素DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
キーワードDNA / silver / Ag28 / near infrared emission / fluorescence / DNA-AgNC
機能・相同性SILVER ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Kanazawa, H. / Kondo, J. / Romolini, G. / Cerretani, C. / Lanza, A. / Huang, Z. / Vosch, T.
資金援助 デンマーク, European Union, 日本, 5件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF22OC0073734 デンマーク
Independent Research Fund Denmark - Technology and Production Sciences0136-00024B デンマーク
Independent Research Fund Denmark - Technology and Production Sciences3103-00279B デンマーク
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITNNIR-emitting Ag-DNAs 101151897European Union
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24ama121014 日本
引用ジャーナル: Small Struct / 年: 2025
タイトル: Shining Bright at 960 nm: A 28-Silver-Atom Nanorod Stabilized by DNA
著者: Romolini, G. / Kanazawa, H. / Mollerup, C. / Lisberg, M. / Lind, S. / Huang, Z. / Cerretani, C. / Kondo, J. / Vosch, T.
履歴
登録2024年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,83232
ポリマ－9,7402
非ポリマー3,09130
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Electron Dispersive X-ray Spectroscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area3790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.215, 53.171, 27.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*AP*A)-3')


分子量: 4870.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物...
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.9637.38
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法750 mM MOPS, 10 mM spermine, 10 mM KNO3, 10% MPD
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法750 mM 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid, 10 mM spermine, 10 mM Ca(NO3), 10% 2-methyl-2,4-pentanediol against a reservoir solution of 40% 2-methyl-2,4-pentanediol.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001Y
21002Y
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11.9
シンクロトロンMAX IV BioMAX20.6199
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2024年10月12日
DECTRIS EIGER2 S 16M2PIXEL2024年10月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.91
20.61991
反射解像度: 1.3→26.4 Å / Num. obs: 35689 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 7.25
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.3-1.330.31925490.8990.3762
1.33-1.370.28825430.9180.3392
1.37-1.410.26624780.9390.3142
1.41-1.450.26724430.9330.3152
1.45-1.50.24724140.9380.2912
1.5-1.550.24922020.9310.2952
1.55-1.610.23522570.9510.2752
1.61-1.670.20320890.960.2382
1.67-1.750.18420710.9620.2162
1.75-1.830.15419670.9730.1812
1.83-1.930.13319190.9820.1562
1.93-2.050.10217370.9870.122
2.05-2.190.08916460.9890.1042
2.19-2.370.07415390.9920.0872
2.37-2.590.06813710.9960.082
2.59-2.90.07612680.9910.0892
2.9-3.350.06811430.9950.0792
3.35-4.10.0679390.9950.0772
4.1-5.80.0637420.9940.0742
5.8-26.40.0563720.9950.0652
2-26.692360.9941
Serial crystallography sample delivery
ID手法
1fixed target
2fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
Sir2014Sir2019位相決定
AutoSol位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.3→16.82 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1642 3521 9.88 %
Rwork0.1631 --
obs0.1632 35654 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→16.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 646 30 39 715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.211112
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.714312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01832
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.310.26761320.23351189X-RAY DIFFRACTION96
1.31-1.330.25021380.23421257X-RAY DIFFRACTION96
1.33-1.350.22431460.22141303X-RAY DIFFRACTION97
1.35-1.370.27571430.21551280X-RAY DIFFRACTION96
1.37-1.40.20011390.21811244X-RAY DIFFRACTION96
1.4-1.420.181420.21761318X-RAY DIFFRACTION98
1.42-1.450.19951360.21271272X-RAY DIFFRACTION97
1.45-1.470.19921470.20261337X-RAY DIFFRACTION98
1.47-1.50.19461430.21461276X-RAY DIFFRACTION97
1.5-1.540.21741470.21551256X-RAY DIFFRACTION97
1.54-1.570.23671400.19211311X-RAY DIFFRACTION97
1.57-1.610.27751420.2111291X-RAY DIFFRACTION98
1.61-1.660.20261390.18011287X-RAY DIFFRACTION98
1.66-1.70.16071480.18411335X-RAY DIFFRACTION98
1.7-1.760.14091410.17021258X-RAY DIFFRACTION98
1.76-1.820.14971450.16521323X-RAY DIFFRACTION98
1.82-1.890.13511360.13961283X-RAY DIFFRACTION98
1.89-1.980.14991450.12811309X-RAY DIFFRACTION98
1.98-2.080.13041370.12841310X-RAY DIFFRACTION98
2.09-2.210.12581250.12321313X-RAY DIFFRACTION98
2.21-2.390.10931440.12261294X-RAY DIFFRACTION97
2.39-2.620.10621490.11571239X-RAY DIFFRACTION96
2.62-30.16351330.1431298X-RAY DIFFRACTION97
3-3.780.17471380.16571302X-RAY DIFFRACTION98
3.78-16.820.17491460.16881248X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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