PDB-9kha: Crystal structure of maltodextrin-binding protein SPs0871 from St...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kha

タイトル

Crystal structure of maltodextrin-binding protein SPs0871 from Streptococcus pyogenes at 2.20 A

要素

Extracellular solute-binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Streptococcus pyogenes / virtual screening / biophysical-based screening / small compounds

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Extracellular solute-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes M1 GAS (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Yamawaki, T. / Tsumoto, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Development of a small compound that regulates the function of a maltodextrin-binding protein of Streptococcus pyogenes by multifaceted screenings.
著者: Yamawaki, T. / Nakakido, M. / Nagatoishi, S. / Caaveiro, J.M.M. / Kuroda, D. / Aikawa, C. / Nakagawa, I. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2024年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kha.cif.gz	382.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kha.ent.gz	240.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/9kha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/9kha	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Extracellular solute-binding protein

B: Extracellular solute-binding protein

84 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Extracellular solute-binding protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Extracellular solute-binding protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Chain B is identical to Chain A
42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.189, 118.189, 353.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-639- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 39 - 413 / Label seq-ID: 13 - 387

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Extracellular solute-binding protein 分子量: 41997.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes M1 GAS (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F66_03780 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5S4U0C2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化	温度: 293.13 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium citrate tribasic 1.8 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→45.3 Å / Num. obs: 47995 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 17.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique obs: 6775 / CC_1/2: 0.985 / R_pim(I) all: 0.098 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MOSFLM	7.2.2	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→45.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 9.58 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2237	2392	4.984 %
R_work	0.1849	45602	-
all	0.187	-	-
obs	-	47994	98.427 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.898 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.516 Å²	0.758 Å²	0 Å²
2-	-	1.516 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.918 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5625	0	0	310	5935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	5749
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	1.808	7779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.494	1.764	12573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.434	5	741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.821	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.363	10	999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.411	10	242
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6679
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2968
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.854	2.792	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.852	2.792	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.69	5.011	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.69	5.012	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.805	3.128	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.804	3.129	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.467	5.583	4086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.467	5.583	4087
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.558	27.029	6622
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.541	26.88	6562
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.075	0.05	11851

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07514	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07514	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.27	132	0.239	2852	X-RAY DIFFRACTION	84.6285
2.257-2.319	0.222	163	0.209	3111	X-RAY DIFFRACTION	93.9724
2.319-2.386	0.208	189	0.191	3168	X-RAY DIFFRACTION	99.881
2.386-2.459	0.24	175	0.175	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.459-2.539	0.243	150	0.197	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.539-2.628	0.246	174	0.197	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.628-2.727	0.23	148	0.195	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.727-2.838	0.247	132	0.196	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-2.964	0.258	142	0.193	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.108	0.254	122	0.204	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
3.108-3.275	0.227	135	0.197	2374	X-RAY DIFFRACTION	100
3.275-3.472	0.23	129	0.191	2254	X-RAY DIFFRACTION	100
3.472-3.711	0.213	93	0.178	2145	X-RAY DIFFRACTION	100
3.711-4.006	0.226	104	0.166	2009	X-RAY DIFFRACTION	100
4.006-4.384	0.165	95	0.143	1835	X-RAY DIFFRACTION	100
4.384-4.896	0.183	76	0.149	1694	X-RAY DIFFRACTION	100
4.896-5.643	0.187	80	0.17	1487	X-RAY DIFFRACTION	100
5.643-6.884	0.237	71	0.191	1274	X-RAY DIFFRACTION	99.9257
6.884-9.626	0.258	52	0.181	1017	X-RAY DIFFRACTION	100
9.626-45.3	0.227	30	0.245	628	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9514	0.3909	-0.5663	1.0026	-0.5853	1.341	-0.0599	0.2114	0.1531	-0.0903	0.0461	0.0502	-0.0986	-0.0911	0.0138	0.041	-0.0123	-0.0355	0.0498	0.032	0.073	-7.3913	-43.5252	-2.5532
2	0.9836	0.1327	-0.7949	0.5518	-0.2029	1.8828	0.0944	-0.0705	0.1552	0.1968	-0.0674	0.1231	-0.3314	-0.2328	-0.0271	0.1682	0.0387	0.0136	0.0877	-0.0482	0.0904	-17.3051	-49.5392	56.0906

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)