PDB-9kh6: cryo-EM structure of lipase/ligand/substrate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kh6

タイトル

cryo-EM structure of lipase/ligand/substrate complex

要素

Patatin

キーワード

HYDROLASE / lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid catabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Lu, D.F. / Zhu, D.Y. / Liu, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-EM structure of lipase/ligand/substrate complex
著者: Lu, D.F. / Zhu, D.Y. / Liu, S.

履歴

登録	2024年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kh6.cif.gz	354.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kh6.ent.gz	294.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kh6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/9kh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/9kh6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62333MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Patatin

B: Patatin

C: Patatin

D: Patatin

E: Patatin

F: Patatin

ヘテロ分子

234 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Patatin 分子量: 37583.746 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence reference for strain 'Acinetobacter baumannii' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A4Q7ABV3. 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: EXU28_18015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Q7ABV3
#2: 化合物	ChemComp-4BW / 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one / 3',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(3',5')pA(3',5')p] 分子量: 674.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE 分子量: 744.034 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₈NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DOPE, リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: complex of lipase and ligand / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 1.39 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 548926 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	16596
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.753	22434
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	6.631	2370
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.045	2424
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	2844

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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