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- PDB-9kh2: Crystal structure of the first three zinc finger domains of ZBTB2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kh2
タイトルCrystal structure of the first three zinc finger domains of ZBTB20 in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
  • Zinc finger and BTB domain-containing protein 20
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / ZBTB20 / zinc finger domain / DNA binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immune system process / lipid homeostasis / positive regulation of lipid biosynthetic process / regulation of cytokine production / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of glycolytic process / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding ...regulation of immune system process / lipid homeostasis / positive regulation of lipid biosynthetic process / regulation of cytokine production / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of glycolytic process / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of tumor necrosis factor production / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger and BTB domain-containing protein 20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Chen, X. / Luo, Z. / Song, Y. / Xu, S. / Wu, J. / Duan, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32100969 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the first three zinc finger domains of ZBTB20 in complex with DNA
著者: Chen, X. / Luo, Z. / Wu, J. / Duan, B.
履歴
登録2024年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 20
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 20
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,00912
ポリマ－34,6176
非ポリマー3926
水46826
1
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 20
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5056
ポリマ－17,3083
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area8920 Å2
手法PISA
2
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 20
E: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5056
ポリマ－17,3083
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.676, 147.788, 143.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 20 / Dendritic-derived BTB/POZ zinc finger protein / Zinc finger protein 288


分子量: 9983.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB20, DPZF, ZNF288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HC78
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*C)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*G)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M Monosaccharides, 50 % v/v Morpheus Precipitant Mix 2, 0.1 M Buffer System 3, pH=8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 15677 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 63.25 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.59→2.69 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.991 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1516 / CC1/2: 0.729 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207+SVN精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.59→35.77 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 766 4.92 %
Rwork0.1943 14802 -
obs0.1966 15568 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→35.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1390 972 6 26 2394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00862514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05943580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0584390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.85551044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.790.39421340.33252843X-RAY DIFFRACTION96.97
2.79-3.080.36521280.30622980X-RAY DIFFRACTION99.78
3.08-3.520.27351810.20732903X-RAY DIFFRACTION98.31
3.52-4.430.22521610.182959X-RAY DIFFRACTION99.43
4.43-35.770.19241620.15273117X-RAY DIFFRACTION99.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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