PDB-9kfd: Truncated Fzo1,GTP-bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kfd

タイトル

Truncated Fzo1,GTP-bound

要素

Mitofusin FZO1

キーワード

HYDROLASE / Fzo1 / dynamin / mitofusin

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxisomal-mitochondrial contact site / peroxisome-mitochondrion membrane tether activity / mitochondrial outer membrane fusion / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RHOT2 GTPase cycle / mitochondrial inner membrane fusion / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / mitochondrion localization / mitochondrial fusion / intracellular distribution of mitochondria ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Yan, L.-M. / Gao, S. / Huang, S.-J.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32371258	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82341073	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	2320103002	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82173098	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A special latch in yeast mitofusin guarantees mitochondrial fusion by stabilizing self-assembly
著者: Gao, S. / Huang, S.-J. / Yan, L.-M.

履歴

登録	2024年11月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kfd.cif.gz	358.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kfd.ent.gz	291.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kfd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kfd_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kfd_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9kfd_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	9kfd_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/9kfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/9kfd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kfeC 9kffC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitofusin FZO1

B: Mitofusin FZO1

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.404, 174.404, 127.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1,x+1/2,z+5/4 #7: y+1,-x+1/2,z+5/4 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Mitofusin FZO1 / Transmembrane GTPase FZO1 分子量: 53696.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: FZO1, YBR179C, YBR1241 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P38297, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.64 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS,pH 6.5 1.5 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→123.32 Å / Num. obs: 49576 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2.73→2.87 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 7355 / CC_1/2: 0.904 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19-4092	精密化
autoPROC		data processing
Aimless		データスケーリング
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.73→66.46 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2628	2471	4.99 %
R_work	0.2328	-	-
obs	0.2344	49533	97.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→66.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6763	0	68	20	6851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6919
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.625	9318
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.336	891
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1174

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.73-2.78	0.3644	118	0.3559	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.84	0.3917	140	0.3364	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.3777	160	0.3225	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.97	0.3946	134	0.3144	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.04	0.4109	146	0.3161	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.12	0.3865	139	0.3187	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.21	0.3428	142	0.2946	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.32	0.3217	116	0.2634	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.42	0.3055	123	0.2654	2384	X-RAY DIFFRACTION	99
3.46-3.57	0.2681	121	0.2523	2245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.74	0.2582	128	0.2418	2525	X-RAY DIFFRACTION	94
3.74-3.93	0.2511	139	0.2298	2503	X-RAY DIFFRACTION	94
3.93-4.18	0.2271	122	0.2153	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.5	0.2268	146	0.1932	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-4.95	0.199	141	0.1808	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-5.67	0.1934	167	0.2117	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
5.67-7.14	0.2796	144	0.2473	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
7.15-66.46	0.2375	145	0.1913	2737	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0014	1.8794	-1.6592	4.4899	-1.794	1.6444	0.0769	0.3434	0.4795	-0.021	0.1558	0.015	-0.0855	0.053	-0.1444	0.5723	0.0809	0.0952	0.5124	-0.0192	0.6563	23.5483	6.403	-12.7693
2	3.5656	0.445	-0.0748	2.4186	0.0753	3.3724	-0.1126	0.2903	-0.5069	-0.1826	0.035	0.1825	0.3004	-0.14	0.0729	0.3801	-0.0261	0.0734	0.3339	-0.0557	0.5894	26.8024	-19.2536	-14.6627
3	5.349	-0.8878	0.1881	0.7652	-1.974	6.3522	-0.0758	-0.2464	-0.6714	0.4816	0.022	0.5904	0.8354	-0.4582	0.0941	0.5919	-0.1715	0.1132	0.5788	0.104	0.8518	23.926	-22.9896	1.3543
4	2.0264	-0.6244	-0.4225	0.2976	-0.3897	1.9872	0.2534	-0.1542	0.1242	0.1185	-0.2741	-0.2726	-0.0023	-0.0057	-0.0349	0.3813	0.009	0.0685	0.519	-0.0308	0.7201	19.4486	0.1114	-5.3014
5	5.151	1.3197	-0.7252	3.7831	-0.3607	3.8891	0.3496	-0.0153	1.5587	-0.2129	0.3415	1.0424	-0.5645	-0.1614	-0.3686	0.5798	0.064	0.0885	0.5096	-0.0005	1.0296	17.2524	19.0114	-8.9931
6	6.2937	-1.5811	0.8664	5.2852	-1.6734	2.542	-0.0157	-0.391	0.808	0.1706	0.0537	-0.277	-0.139	-0.0842	-0.0875	0.5436	-0.0856	0.1471	0.5637	-0.0592	0.6175	60.5569	7.1644	-16.6915
7	2.9223	0.0592	0.1941	2.3679	0.2767	3.254	-0.0238	-0.4661	-0.3047	0.3374	-0.1231	-0.2341	-0.0061	0.3062	0.0998	0.4344	0.0344	0.0196	0.593	0.1228	0.5485	58.5138	-12.5759	0.6592
8	2.1559	0.3707	-0.2517	3.4583	-1.2563	1.6549	-0.0416	0.0451	0.0646	0.3195	-0.0824	-0.3733	-0.0945	0.1116	0.1356	0.4215	0.0108	0.0651	0.5268	-0.0288	0.5771	63.7433	-0.3916	-19.3721

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 82 through 184 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 185 through 392 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 393 through 442 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 443 through 816 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 817 through 855 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 85 through 184 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 185 through 392 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 393 through 853 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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