PDB-9keh: human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with licochalc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9keh

タイトル

human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with licochalcone B and GSH, form 3

要素

Lactoylglutathione lyase

キーワード

LYASE / glyoxalase i / zinc metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / methylglyoxal metabolic process / Pyruvate metabolism / glutathione metabolic process / osteoclast differentiation / carbohydrate metabolic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Ando, K. / Yokoyama, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of glyoxalase I complexes with nature-derived inhibitors reveal flexible and multiple binding poses
著者: Ando, K. / Yokoyama, H.

履歴

登録	2024年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9keh.cif.gz	156.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9keh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9keh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9keh_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9keh_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9keh_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	9keh_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/9keh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/9keh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9keeC 9kegC 9keiC 9kekC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactoylglutathione lyase

B: Lactoylglutathione lyase

ヘテロ分子

45.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.831, 65.883, 41.3
Angle α, β, γ (deg.)	90, 101.044, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lactoylglutathione lyase / Aldoketomutase / Glyoxalase I / Glx I / Ketone-aldehyde mutase / Methylglyoxalase / S-D- ...Aldoketomutase / Glyoxalase I / Glx I / Ketone-aldehyde mutase / Methylglyoxalase / S-D-lactoylglutathione methylglyoxal lyase 分子量: 21874.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04760, lactoylglutathione lyase

#1: タンパク質

Lactoylglutathione lyase / Aldoketomutase / Glyoxalase I / Glx I / Ketone-aldehyde mutase / Methylglyoxalase / S-D- ...

分子量: 21874.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLO1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04760, lactoylglutathione lyase

-
非ポリマー , 5種, 166分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-A1L5R / 1-(4-hydroxyphenyl)-3-[2-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-en-1-one / Licochalcone B 分子量: 286.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE 分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 25%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.018 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.018 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→19.6 Å / Num. obs: 38189 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.935 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / R_merge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 1800 / CC_1/2: 0.896 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→19.596 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 1.925 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1926	1922	5.04 %
R_work	0.1564	36212	-
all	0.158	-	-
obs	-	38134	98.882 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.043 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.591 Å²	-0 Å²	0.057 Å²
2-	-	-0.495 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.988 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→19.596 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2782	0	90	159	3031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2933
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.245	1.841	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.773	1.787	6376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.822	5	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.443	9.091	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.603	10	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.896	10	130
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	2431
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.115	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.247	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.898	1.933	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.897	1.934	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.764	3.456	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.764	3.46	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.538	2.489	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.536	2.49	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.521	4.314	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.52	4.314	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.128	21.347	3208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.125	21.343	3203

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.72-1.764	0.224	134	0.193	2539	0.195	2801	0.969	0.978	95.4302	0.171
1.764-1.812	0.242	136	0.176	2542	0.179	2764	0.969	0.981	96.8886	0.152
1.812-1.864	0.222	143	0.168	2493	0.171	2683	0.973	0.983	98.2482	0.145
1.864-1.921	0.199	126	0.156	2413	0.158	2568	0.975	0.984	98.8707	0.133
1.921-1.984	0.194	133	0.15	2389	0.152	2549	0.977	0.985	98.9408	0.129
1.984-2.053	0.21	103	0.167	2296	0.169	2422	0.958	0.982	99.0504	0.143
2.053-2.129	0.202	118	0.147	2225	0.149	2357	0.977	0.987	99.406	0.13
2.129-2.215	0.183	120	0.155	2134	0.156	2268	0.977	0.985	99.3827	0.135
2.215-2.312	0.186	108	0.148	2051	0.15	2171	0.981	0.987	99.4473	0.13
2.312-2.423	0.186	105	0.148	1979	0.15	2090	0.978	0.986	99.7129	0.131
2.423-2.552	0.196	96	0.157	1890	0.159	1991	0.976	0.985	99.7489	0.14
2.552-2.704	0.177	104	0.146	1747	0.147	1854	0.981	0.987	99.8382	0.132
2.704-2.887	0.199	89	0.153	1698	0.156	1790	0.973	0.986	99.8324	0.141
2.887-3.113	0.211	82	0.162	1565	0.165	1649	0.973	0.985	99.8787	0.152
3.113-3.401	0.213	80	0.165	1448	0.167	1531	0.974	0.985	99.804	0.158
3.401-3.788	0.176	66	0.152	1328	0.153	1395	0.982	0.988	99.9283	0.149
3.788-4.347	0.151	61	0.135	1170	0.136	1231	0.982	0.989	100	0.137
4.347-5.26	0.159	59	0.137	992	0.138	1051	0.985	0.991	100	0.145
5.26-7.185	0.151	37	0.198	804	0.196	841	0.987	0.983	100	0.205
7.185-19.596	0.385	22	0.183	509	0.189	531	0.946	0.984	100	0.205

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