PDB-9ke3: Cryo-EM structure of lipid-mediated dimer of human norepinephrine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ke3

タイトル

Cryo-EM structure of lipid-mediated dimer of human norepinephrine transporter NET in the presence of the F3288-0031 in an inward-open state at resolution of 3.1 angstrom

要素

Sodium-dependent noradrenaline transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / dopamine:sodium symporter activity / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / SLC-mediated transport of neurotransmitters ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å

データ登録者

Zhang, H. / Zhang, T.W. / Xu, E.H. / Jiang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of lipid-mediated dimer of human norepinephrine transporter NET in the presence of the F3288-0031 in an inward-open state at resolution of 3.1 angstrom
著者: Zhang, H. / Zhang, T.W. / Xu, E.H. / Jiang, Y.

履歴

登録	2024年11月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月19日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ke3.cif.gz	214.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ke3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ke3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9ke3_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ke3_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9ke3_validation.xml.gz	52.9 KB	表示
CIF形式データ	9ke3_validation.cif.gz	74.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/9ke3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/9ke3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	62289MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (7) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (7)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (5)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sodium-dependent noradrenaline transporter

B: Sodium-dependent noradrenaline transporter

ヘテロ分子

149 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Sodium-dependent noradrenaline transporter / Norepinephrine transporter / NET / Solute carrier family 6 member 2 分子量: 70715.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A2, NAT1, NET1, SLC6A5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23975
#2: 化合物	ChemComp-A1EFR / (2~{S})-1-[2-methoxy-4-[(~{E})-prop-1-enyl]phenoxy]-3-[4-(phenylmethyl)piperazin-1-yl]propan-2-ol 分子量: 396.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CLR / CHOLESTEROL 分子量: 386.654 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆O
#4: 化合物	ChemComp-A1EFM / [(2~{R})-1-[[(2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-nonanoyloxy-propan-2-yl] decanoate 分子量: 540.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₉O₁₀P
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Sodium-dependent noradrenaline transporter / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: DIFFRACTION / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	cryoSPARC	粒子像選択
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171003 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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