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- PDB-9kd0: Crystal structure of Bacteroides ovatus KduI2 responsible for met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kd0
タイトルCrystal structure of Bacteroides ovatus KduI2 responsible for metabolism of glycosaminoglycan
要素4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
キーワードISOMERASE / Glycosaminoglycan metabolism / Bacteroides
機能・相同性
機能・相同性情報


5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase / 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process / pectin catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
5-keto 4-deoxyuronate isomerase / 5-keto-4-deoxyuronate isomerase, N-terminal / KduI/IolB isomerase / KduI/IolB family / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus ATCC 8483 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Kouda, Y. / Takase, R. / Mikami, B. / Hashimoto, W.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H04629 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02166 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02156 日本
Yakult Bio-science Foundation 日本
Japan Foundation for Applied Enzymology 日本
Japan Environ and Organic-farming Foundation 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Bacteroides ovatus KduI2 responsible for metabolism of glycosaminoglycan
著者: Kouda, Y. / Takase, R. / Mikami, B. / Hashimoto, W.
履歴
登録2024年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7281
ポリマ－33,7281
非ポリマー00
水00
1
A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase

A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4572
ポリマ－67,4572
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.416, 72.936, 39.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase


分子量: 33728.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides ovatus ATCC 8483 (バクテリア)
遺伝子: BACOVA_04897 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
参照: UniProt: A0AAN3A235, 5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: PEG monomethyl ether 2000, Calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→50 Å / Num. obs: 25764 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.58 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 11.54
反射 シェル解像度: 2.91→3.09 Å / 冗長度: 4.17 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique obs: 886 / CC1/2: 0.911 / Rrim(I) all: 0.518 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.91→39.53 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2572 282 5.02 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2027 5616 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2079 0 0 0 2079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.881790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003369
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-3.670.28981400.22472646X-RAY DIFFRACTION99
3.67-39.530.24491420.18982688X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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