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- PDB-9kc5: PSI-LHCI of the red alga Galdieria sulphuraria NIES-3638 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kc5
タイトルPSI-LHCI of the red alga Galdieria sulphuraria NIES-3638
要素
  • (Light-harvesting complex ...) x 6
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 6
  • (Photosystem I subunit ...) x 2
  • PSI-K
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • Psa28
  • RedCAP
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK ...Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand ...: / : / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand / Photosystem I subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit XII / Light-harvesting complex protein / Light-harvesting complex protein / Light-harvesting complex protein / Light-harvesting complex protein / Light-harvesting complex protein / Uncharacterized protein / Photosystem I subunit O / Uncharacterized protein / Light-harvesting complex protein
類似検索 - 構成要素
生物種Galdieria sulphuraria (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Kato, K. / Nakajima, Y. / Shen, J.R. / Nagao, R.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23K14211 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22H04916 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23H02423 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structure of a photosystem I supercomplex from close to an ancestral red alga.
著者: Koji Kato / Minoru Kumazawa / Yoshiki Nakajima / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Jian-Ren Shen / Kentaro Ifuku / Ryo Nagao /
要旨: Red algae exhibit unique photosynthetic adaptations, characterized by photosystem I (PSI) supercomplexes containing light-harvesting complexes (LHCs), forming PSI-LHCI supercomplexes. In this study, ...Red algae exhibit unique photosynthetic adaptations, characterized by photosystem I (PSI) supercomplexes containing light-harvesting complexes (LHCs), forming PSI-LHCI supercomplexes. In this study, we solved the PSI-LHCI structure of NIES-3638 at 2.19-angstrom resolution using cryo-electron microscopy, revealing a PSI monomer core associated with seven LHCI subunits. Structural analysis uncovered the absence of phylloquinones, the common secondary electron acceptor in PSI of photosynthetic organisms, suggesting adaptation to a benzoquinone-like molecule. Phylogenetic analysis suggests that retains traits characteristic of an ancestral red alga, including distinctive LHCI binding and interaction patterns. Variations in LHCI composition and interactions across red algae, particularly in red-lineage chlorophyll /-binding-like protein and red algal LHCs, highlight evolutionary divergence and specialization. These findings not only deepen our understanding of red algal PSI-LHCI diversification but also enable us to predict features of an ancestral red algal PSI-LHCI supercomplex, providing a framework to explore evolutionary adaptations from an ancestral red alga.
履歴
登録2024年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: PSI-K
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
O: Photosystem I subunit O
Z: Psa28
1: RedCAP
2: Light-harvesting complex protein
3: Light-harvesting complex protein
4: Light-harvesting complex protein
5: Light-harvesting complex protein
6: Light-harvesting complex protein
7: Light-harvesting complex protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)643,559318
ポリマ－399,74120
非ポリマー243,818298
水10,953608
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 82528.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: E3UIU0, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 82418.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: E3UIU1, photosystem I

-
タンパク質 , 4種, 4分子 CKZ1

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8719.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: E3UIU2, photosystem I
#9: タンパク質 PSI-K / Photosystem I subunit X


分子量: 6874.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: E3UIU8
#13: タンパク質 Psa28


分子量: 9030.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: M2Y646
#14: タンパク質 RedCAP


分子量: 19435.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: M2XW22

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 6種, 6分子 DFIJLM

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15669.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: E3UIU3
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 18254.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: E3UIU5
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3879.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: E3UIU6
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4754.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: E3UIU7
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 15206.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: E3UIU9
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3067.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: E3UIV0

-
Photosystem I subunit ... , 2種, 2分子 EO

#5: タンパク質 Photosystem I subunit IV


分子量: 7330.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: A0A075W2R1
#12: タンパク質 Photosystem I subunit O


分子量: 10522.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: M2XWX3

-
Light-harvesting complex ... , 6種, 6分子 234567

#15: タンパク質 Light-harvesting complex protein


分子量: 18228.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: M2X4C9
#16: タンパク質 Light-harvesting complex protein


分子量: 14670.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: M2XR49
#17: タンパク質 Light-harvesting complex protein


分子量: 19949.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: M2X090
#18: タンパク質 Light-harvesting complex protein


分子量: 19901.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: M2VTV2
#19: タンパク質 Light-harvesting complex protein


分子量: 20512.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: M2VZV1
#20: タンパク質 Light-harvesting complex protein


分子量: 18787.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 参照: UniProt: M2Y652

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糖 , 2種, 5分子

#28: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 10種, 901分子

#21: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物 ChemComp-A1L64 / Coenzyme Q4 / Ubiquinone-4 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(2E,6E,10E)-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenyl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 454.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H42O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 949.299 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成
#29: 化合物...
ChemComp-5X6 / Zeaxanthin / (1R)-4-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4R)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]-3,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol


分子量: 568.871 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物
ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-LHCI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.68 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Galdieria sulphuraria (真核生物)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMMESMES-NaOH1
20.03 %DDMDDM1
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
9RELION4初期オイラー角割当
10RELION4最終オイラー角割当
11RELION4分類
12RELION4３次元再構成
13Servalcat0.4.32モデル精密化
14REFMAC5.8.0419モデル精密化
15PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2583694
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110313 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築詳細: Phyre2 server / Source name: Other / タイプ: in silico model
精密化解像度: 2.19→204.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.862 / SU B: 3.851 / SU ML: 0.088 / ESU R: 0.13
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.24629 --
obs0.24629 878705 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 70.414 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 41435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.01442991
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01740255
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.8082.18560729
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.7962.07791717
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.58353504
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg13.3775750
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.837104634
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0730.25081
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.0246662
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0080.029568
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it3.1156.32614085
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other3.1156.32614085
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it5.09711.3817566
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other5.09711.38117567
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it3.897.25428906
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other3.897.25428907
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other6.52213.23743128
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined9.31267.9951386
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other9.31267.9951387
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.247 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.597 65228 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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