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- PDB-9kbt: Crystal structure of PHAB8, a peptidoglycan hydrolase with relati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kbt
タイトルCrystal structure of PHAB8, a peptidoglycan hydrolase with relatively weak thermal stability and broad-spectrum.
要素Lysozyme
キーワードLYASE / peptidoglycan dydrolase / cationic peptides / monomer
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Endolysin/autolysin / : / Endolysin T4 type / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hu, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81802001 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Dimer-monomer transition defines a hyper-thermostable peptidoglycan hydrolase mined from bacterial proteome by lysin-derived antimicrobial peptide-primed screening.
著者: Zhang, L. / Hu, F. / Zhao, Z. / Li, X. / Zhong, M. / He, J. / Yao, F. / Zhang, X. / Mao, Y. / Wei, H. / He, J. / Yang, H.
履歴
登録2024年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9984
ポリマ－22,7181
非ポリマー2803
水1,04558
1
A: Lysozyme
ヘテロ分子

A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9968
ポリマ－45,4362
非ポリマー5616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4040 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.030, 156.980, 47.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme


分子量: 22717.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: CV954_012615 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AA45B7F0, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 3% w/v Dextran sulfate sodium salt, 0.1 M bicine pH 8.5, 15% w/v Polyethylene glycol 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 81 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→35.29 Å / Num. obs: 11885 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Num. unique obs: 867 / CC1/2: 0.585

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→35.29 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.3 / 位相誤差: 30.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 1128 10 %
Rwork0.2359 --
obs0.2395 11276 94.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1505 0 17 58 1580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.281208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011268
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.510.40841300.34061172X-RAY DIFFRACTION89
2.51-2.640.3451320.31551184X-RAY DIFFRACTION90
2.64-2.810.33261350.27511224X-RAY DIFFRACTION93
2.81-3.020.30751400.27011257X-RAY DIFFRACTION95
3.02-3.330.28531420.24331274X-RAY DIFFRACTION96
3.33-3.810.28381450.22251305X-RAY DIFFRACTION98
3.81-4.80.21431470.19761324X-RAY DIFFRACTION98
4.8-5.010.23831570.21481408X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.8165 Å / Origin y: -22.7338 Å / Origin z: 8.327 Å
111213212223313233
T0.2449 Å20.0384 Å2-0.216 Å2-0.272 Å2-0.062 Å2--0.4307 Å2
L0.1871 °20.0709 °2-0.2137 °2-0.1391 °2-0.0914 °2--0.5324 °2
S-0.3855 Å °-0.003 Å °0.5206 Å °-0.0517 Å °-0.0496 Å °0.0257 Å °0.0504 Å °-0.0508 Å °-0.2223 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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