PDB-9kbo: Crystal structure of human Shiftless (SFL) containing phosphoryla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kbo

タイトル

Crystal structure of human Shiftless (SFL) containing phosphorylation sites Ser249, Thr250, Thr253 and Ser256

要素

Shiftless antiviral inhibitor of ribosomal frameshifting protein

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / Host factor / Antivirus / -1 PRF / RNA-bingding

機能・相同性

機能・相同性情報

response to type III interferon / response to interferon-beta / regulation of translational termination / response to type I interferon / sequence-specific mRNA binding / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of translational frameshifting / response to type II interferon / P-body / ribosome binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Li, Z. / Hao, W. / Zhang, Y. / Hou, P. / Cui, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Crystal Structure of a host factor Shiftless(SHFL)
著者: Li, Z. / Hao, W. / Zhang, Y. / Hou, P. / Cui, S.

履歴

登録	2024年10月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kbo.cif.gz	397.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kbo.ent.gz	331.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kbo_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kbo_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	9kbo_validation.xml.gz	54.1 KB	表示
CIF形式データ	9kbo_validation.cif.gz	70.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/9kbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/9kbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Shiftless antiviral inhibitor of ribosomal frameshifting protein

B: Shiftless antiviral inhibitor of ribosomal frameshifting protein

C: Shiftless antiviral inhibitor of ribosomal frameshifting protein

D: Shiftless antiviral inhibitor of ribosomal frameshifting protein

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Shiftless antiviral inhibitor of ribosomal frameshifting protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Shiftless antiviral inhibitor of ribosomal frameshifting protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Shiftless antiviral inhibitor of ribosomal frameshifting protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Shiftless antiviral inhibitor of ribosomal frameshifting protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	211.719, 89.411, 82.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Shiftless antiviral inhibitor of ribosomal frameshifting protein / SFL / SHFL / Interferon-regulated antiviral protein / IRAV / Repressor of yield of DENV protein / RyDEN 分子量: 33413.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHFL, C19orf66, FLJ11286, IRAV, RYDEN, SFL / 細胞株 (発現宿主): High Five 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NUL5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20 % w/v Polyethylene glycol 3350, pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月20日
放射	モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→39.847 Å / Num. obs: 106364 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 47.589 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.175 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2→5 Å / Num. unique obs: 16829 / CC_1/2: 0.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定
STARANISO		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→39.28 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2858	5157	4.96 %	Random
R_work	0.2217	-	-	-
obs	0.2248	103986	97.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8153	0	9	499	8661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	8421
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.41	11400
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.688	3308
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.017	1516

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.5308	104	0.4439	1929	X-RAY DIFFRACTION	58
2.02-2.04	0.4061	140	0.4008	2718	X-RAY DIFFRACTION	83
2.04-2.07	0.4419	167	0.3867	3100	X-RAY DIFFRACTION	92
2.07-2.09	0.3608	179	0.3819	3265	X-RAY DIFFRACTION	98
2.09-2.12	0.3892	166	0.3586	3278	X-RAY DIFFRACTION	98
2.12-2.15	0.4007	195	0.3516	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.3678	183	0.3362	3325	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.21	0.3526	173	0.3282	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.4074	175	0.3478	3336	X-RAY DIFFRACTION	99
2.25-2.28	0.3501	192	0.322	3310	X-RAY DIFFRACTION	99
2.28-2.32	0.3707	176	0.2992	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.37	0.339	178	0.2993	3328	X-RAY DIFFRACTION	99
2.37-2.41	0.3234	182	0.301	3340	X-RAY DIFFRACTION	99
2.41-2.46	0.3448	163	0.2912	3344	X-RAY DIFFRACTION	99
2.46-2.51	0.3448	164	0.2824	3346	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.57	0.3269	173	0.2721	3383	X-RAY DIFFRACTION	99
2.57-2.64	0.3317	192	0.2587	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.71	0.3105	179	0.2397	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.79	0.2804	199	0.2303	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.88	0.285	192	0.2324	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.98	0.2675	153	0.2319	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.1	0.303	161	0.2389	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.24	0.3103	201	0.2246	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.41	0.2744	182	0.2088	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.62	0.2828	146	0.2002	3433	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.9	0.2635	194	0.1882	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.3	0.2108	154	0.1563	3440	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.92	0.2203	150	0.1549	3489	X-RAY DIFFRACTION	100
4.92-6.19	0.2261	146	0.1825	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
6.19-39.28	0.2834	198	0.2067	3598	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)