PDB-9kbe: Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kbe

タイトル

Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobacterium smegmatis complexed with indolcarboxamide

要素

Trehalose monomycolate exporter MmpL3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN TRANSPORTER RND SUPERFAMILY CELL WALL BIOSYNTHESIS ANTITUBERCULAR DRUGS / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylethanolamine transfer activity / phosphatidylglycerol binding / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / mycolate cell wall layer assembly / cell wall biogenesis / diacylglycerol binding / cell pole / cell tip / mycolic acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Murakami, S. / Okada, U. / Yamashita, E. / Pieroni, M. / Carosati, E.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobacterium smegmatis complexed with indolcarboxamide.
著者: Murakami, S.

履歴

登録	2024年10月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kbe.cif.gz	358.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kbe.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9kbe_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kbe_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9kbe_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	9kbe_validation.cif.gz	43 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/9kbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/9kbe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Trehalose monomycolate exporter MmpL3

ヘテロ分子

88.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.289, 105.340, 89.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.521, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Trehalose monomycolate exporter MmpL3 / TMM exporter MmpL3 / MmpL3 transporter / Mycobacterial membrane protein large 3 分子量: 85442.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The six histidine residues at the C-terminal are His-tag for protein purification. 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 遺伝子: mmpL3, MSMEG_0250, MSMEI_0243 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QP27
#2: 化合物	ChemComp-A1L5O / N-cycloheptyl-4,6-dimethyl-1H-indole-2-carboxamide 分子量: 284.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20mM HEPES pH7.5, 150mM NaCl, 0.05% DDM, 1.17mM Indolecarboxyamide, 2% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月13日
放射	モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→46.94 Å / Num. obs: 77682 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 25.9 % / B_iso Wilson estimate: 58.03 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.15→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3853 / CC_1/2: 0.744 / R_pim(I) all: 0.573 / % possible all: 98.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→43.42 Å / SU ML: 0.3014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.3099
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	3855	4.97 %
R_work	0.2158	73698	-
obs	0.217	77553	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→43.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5535	0	231	100	5866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	5884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5678	7995
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	982
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	970
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.5918	836

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.17	0.4088	136	0.3932	2596	X-RAY DIFFRACTION	97.99
2.17-2.2	0.4426	120	0.3815	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.2-2.23	0.4212	130	0.3549	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.23-2.26	0.3939	128	0.3436	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.26-2.29	0.3306	136	0.2847	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.33	0.2545	134	0.2691	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.33-2.36	0.2955	119	0.2667	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.36-2.4	0.3047	147	0.2526	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.4-2.44	0.2831	154	0.2573	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.44-2.49	0.2932	146	0.2405	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.49-2.53	0.2952	142	0.2398	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.53-2.59	0.3307	124	0.242	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.59-2.64	0.2324	140	0.2342	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.64-2.7	0.2701	150	0.2344	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.7-2.77	0.2684	162	0.2246	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.77-2.85	0.2559	147	0.2238	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.85-2.93	0.2828	165	0.2205	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.93-3.02	0.2643	128	0.2145	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.02-3.13	0.2394	139	0.2186	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.13-3.26	0.302	125	0.2273	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.26-3.41	0.3156	126	0.2345	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.41-3.59	0.2103	147	0.2095	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.59-3.81	0.2183	147	0.201	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.1	0.2504	133	0.1972	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.1-4.52	0.1813	102	0.1881	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-5.17	0.1842	128	0.1809	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.17-6.51	0.2585	140	0.2222	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
6.51-43.42	0.2219	160	0.2116	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.34

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.552957397343	-0.28070706765	0.664551832481	0.741357857473	0.268006723944	0.726193691982	-0.551039776917	0.179383692872	-0.17000108525	0.104453094789	0.17391356103	0.189450996188	0.985340447157	0.0971125574835	-0.000783848297783	0.73560396359	0.0133689940459	0.0238041079679	0.678467033498	-0.0222825346722	0.597606271839	-14.8303967129	2.7833014834	3.29738517828
2	2.27912566473	-0.00738341274546	0.0674460110821	0.781196424575	0.168466478191	2.0395155946	0.04512607723	-0.106148645884	0.197010743378	-0.0403089449205	-0.0632013909089	-0.300403749886	-0.199888293091	0.227604686896	-6.20145117265E-5	0.623164838744	-0.00582357725563	0.0420060003017	0.481566033029	0.00787245970926	0.624036963313	12.37933986	26.4881561549	-32.3364321642
3	0.098784336031	-0.0440665862266	-0.281580149592	0.25034716672	0.153029066298	0.0421567644994	0.0704915102315	-0.426234507548	0.0741377958216	0.147613106884	-0.0131863995697	-0.1662691549	-0.465941327179	0.232726463949	0.000107730078198	0.663372384137	0.0594252318813	0.0396289542966	0.730261903562	0.0055774425045	0.648728631578	-11.0962839982	25.4368537195	-13.2205358728
4	0.107139736779	0.125612032007	-0.454853369354	0.53246528923	-0.127956948848	2.11174790616	-0.0238872731724	0.0645717231407	0.110323360223	0.101969198594	0.0414194588155	0.0940494427231	0.0923602977059	-0.415256807079	0.00164826185986	0.475935352371	0.0135601463321	0.00122043751998	0.573267875534	0.0258279558243	0.559517633352	-21.6968327158	14.240914083	-13.9698648866
5	1.4658850512	0.685110158783	0.229365992625	1.03157400318	0.619340783321	1.83347756237	-0.058363792641	0.179294838507	0.175712556541	-0.16728618468	0.0586973278636	-0.0390395157275	0.110674365149	-0.167887759618	-1.60672806795E-5	0.756236666372	0.0487570091461	0.0538524555855	0.611530668097	0.051253177957	0.642315418704	2.39940507302	12.445430146	-53.2611376293
6	0.949269995921	-0.240287502058	0.0882514537511	1.71822944904	0.196316049581	1.43780791782	-0.12203273219	0.172429037083	0.260128555456	0.0284773068658	0.314982916679	0.198747688958	0.13474671112	-1.00679498638	0.00209188232715	0.506721130439	-0.079529575396	-0.0162705661793	0.994983781706	0.0511690113877	0.540946398396	-31.7372789203	10.7291371209	-21.2895567019

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 36 )	1 - 36	1 - 36
2	2	chain 'A' and (resid 37 through 164 )	37 - 164	37 - 164
3	3	chain 'A' and (resid 165 through 207 )	165 - 207	165 - 207
4	4	chain 'A' and (resid 208 through 463 )	208 - 463	208 - 437
5	5	chain 'A' and (resid 464 through 548 )	464 - 548	438 - 522
6	6	chain 'A' and (resid 549 through 751 )	549 - 751	523 - 725

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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