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万見
- PDB-9kba: The occluded structures of BjSemiSWEET in native cellular membran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kba
タイトルThe occluded structures of BjSemiSWEET in native cellular membranes determined by in situ solid-state NMR
要素Sugar transporter SemiSWEET
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Membrane transporter / SemiSWEET / occluded / in situ Structure
機能・相同性: / sugar transmembrane transporter activity / PQ-loop repeat / PQ loop repeat / plasma membrane / Sugar transporter SemiSWEET
機能・相同性情報
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Xie, H. / Yang, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22434003 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22004124 中国
Chinese Academy of SciencesYJKYYQ20190032 中国
Chinese Academy of SciencesXDB0540000 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Two functional conformations of a membrane transporter and their transition in native cellular membranes: distinct from those in synthetic membranes
著者: Xie, H. / Yang, J.
履歴
登録2024年10月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar transporter SemiSWEET
B: Sugar transporter SemiSWEET


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3962
ポリマ－18,3962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sugar transporter SemiSWEET


分子量: 9198.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
株: Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (strain: USDA110
遺伝子: bsr6460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89G85
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D NCACX
121isotropic13D NCOCX
131isotropic13D CONCA
141isotropic12D 500ms CORD

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試料調製

詳細タイプ: membrane
内容: 60 % w/w [U-13C; U-15N] Sucrose transport protein, Bradyrhizobium japonicum SemiSWEET (BjSemiSWEET), H2O
詳細: BjSemiSWEET cellular membrane samples were derived from Escherichia coli cells. The total cellular membrane fraction was obtained through density gradient centrifugation and subsequently ...詳細: BjSemiSWEET cellular membrane samples were derived from Escherichia coli cells. The total cellular membrane fraction was obtained through density gradient centrifugation and subsequently purified using an enhanced sucrose gradient centrifugation method50. The cellular membranes were resuspended in lysis buffer (20 mM Tris, 100 mM NaCl, pH 8.2) and homogenized via gentle sonication before centrifugation. A layering technique was then applied, sequentially adding 2.7 mL of 60% (w/v) sucrose, 3.5 mL of 51% (w/v) sucrose, 3 mL of 35% (w/v) sucrose, and 4 mL of the total membrane suspension from bottom to top in a tube. Centrifugation was carried out using an SW-40Ti rotor (Beckman) at 169818 g for 16 hours. The inner membrane fraction between the 35% and 51% (w/v) sucrose layers was collected, as well as the outer membranes at the 51%-60% sucrose interface. To collect the inner membranes, 2 mL of the sample was diluted with water to fill an 8.9 mL Beckman centrifuge tube and centrifuged at 419832 g for 3 hours. After freeze-drying, rehydration with 30% (w/w) water was followed by packing into a 3.2 mm thin-walled rotor for solid-state NMR (ssNMR) experiments.
Label: [U-13C; U-15N] / 溶媒系: H2O
試料濃度: 60 % w/w
構成要素: Sucrose transport protein, Bradyrhizobium japonicum SemiSWEET (BjSemiSWEET)
Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態詳細: BjSemiSWEET cellular membrane samples were derived from Escherichia coli cells. The total cellular membrane fraction was obtained through density gradient centrifugation and subsequently ...詳細: BjSemiSWEET cellular membrane samples were derived from Escherichia coli cells. The total cellular membrane fraction was obtained through density gradient centrifugation and subsequently purified using an enhanced sucrose gradient centrifugation method50. The cellular membranes were resuspended in lysis buffer (20 mM Tris, 100 mM NaCl, pH 8.2) and homogenized via gentle sonication before centrifugation. A layering technique was then applied, sequentially adding 2.7 mL of 60% (w/v) sucrose, 3.5 mL of 51% (w/v) sucrose, 3 mL of 35% (w/v) sucrose, and 4 mL of the total membrane suspension from bottom to top in a tube. Centrifugation was carried out using an SW-40Ti rotor (Beckman) at 169818 g for 16 hours. The inner membrane fraction between the 35% and 51% (w/v) sucrose layers was collected, as well as the outer membranes at the 51%-60% sucrose interface. To collect the inner membranes, 2 mL of the sample was diluted with water to fill an 8.9 mL Beckman centrifuge tube and centrifuged at 419832 g for 3 hours. After freeze-drying, rehydration with 30% (w/w) water was followed by packing into a 3.2 mm thin-walled rotor for solid-state NMR (ssNMR) experiments.
イオン強度: 1 M / Ionic strength err: 0.2 / Label: [U-13C; U-15N] / pH: 8.2 / PH err: 0.1 / 圧: 1 mbar / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Bruker AVANCE III 800 / 製造業者: Bruker / モデル: Bruker AVANCE III 800 / 磁場強度: 800 MHz
詳細: Solid-state NMR experiments, including NCACX, NCOCX, CONCA, and NCACB, were conducted on BjSemiSWEET's cellular membrane samples using a standard Bruker Advance 800 MHz spectrometer equipped ...詳細: Solid-state NMR experiments, including NCACX, NCOCX, CONCA, and NCACB, were conducted on BjSemiSWEET's cellular membrane samples using a standard Bruker Advance 800 MHz spectrometer equipped with a 3.2-mm E-free HCN MAS probe spinning at 10.5 kHz and 273 K.

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: A total of 1000 structures were de novo generated through molecular dynamics simulated annealing in torsion angle space with two consecutive annealing schedules, followed by final gradient ...詳細: A total of 1000 structures were de novo generated through molecular dynamics simulated annealing in torsion angle space with two consecutive annealing schedules, followed by final gradient minimization in Cartesian space. Each structure was subject to specific constraints: 379*2 unique non-redundant 13C-13C distance constraints, 74*2 hydrogen bond constraints, and 81*2 TALOS-N derived torsion angle constrained chains for comformation I, per BjSemiSWEET dimer structure.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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