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万見
- PDB-9kb0: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kb0
タイトル3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
要素3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidoreductase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / nucleosome binding / NADP binding / oxidoreductase activity / chromatin / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent reductive aminase-like, C-terminal domain / : / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora echinaurantiaca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fang, P. / Liu, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase complexing with NADPH
著者: Fang, P. / Liu, Z.
履歴
登録2024年10月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
C: 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2564
ポリマ－60,7652
非ポリマー1,4912
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.030, 65.640, 86.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase


分子量: 30382.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinaurantiaca (バクテリア)
遺伝子: GA0070609_2033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C5HQ65
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium nitrate, sodium phosphate dibasic, ammonium sulfate, imidazole, MES, PEG 500*MME, PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→65.64 Å / Num. obs: 12620 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.953 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2021 / CC1/2: 0.743 / Rpim(I) all: 0.542 / Rrim(I) all: 1.033 / Χ2: 1 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→40.26 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 1260 10.01 %
Rwork0.2038 --
obs0.2038 12591 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4138 0 0 37 4175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1655780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8861424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012754
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.020.33091400.30241258X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.150.31981370.28231236X-RAY DIFFRACTION99
3.15-3.320.27921390.2581249X-RAY DIFFRACTION99
3.32-3.530.25861380.23391245X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.80.22971420.22771270X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.180.22351400.21421266X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.790.21931390.18531245X-RAY DIFFRACTION100
4.79-6.020.26371420.2291283X-RAY DIFFRACTION100
6.03-40.260.22051430.191279X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.9227 Å / Origin y: -0.9211 Å / Origin z: 18.731 Å
111213212223313233
T0.2963 Å2-0.0121 Å2-0.021 Å2-0.2937 Å20.0068 Å2--0.2983 Å2
L0.3988 °20.0935 °2-0.2261 °2-0.2042 °2-0.1916 °2--0.1699 °2
S-0.0315 Å °0.0556 Å °-0.0016 Å °0.0643 Å °0.0246 Å °0.0213 Å °-0.0307 Å °-0.0466 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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