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万見
- PDB-9kay: Bioengineered protein nanocarrier facilitating siRNA escape from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kay
タイトルBioengineered protein nanocarrier facilitating siRNA escape from lysosomes for targeted RNAi therapy in glioblastoma
要素Ferritin heavy chain, N-terminally processed
キーワードMETAL TRANSPORT / Bioengineered ferritin / Lysosomal escape / siRNA delivery / Glioblastoma targeted therapy / EGFR and TERT
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Chen, X. / Fan, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1201102 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Bioengineered protein nanocarrier facilitating siRNA escape from lysosomes for targeted RNAi therapy in glioblastoma.
著者: Yiliang Jin / Baoli Zhang / Jianru Li / Zhenxi Guo / Chen Zhang / Xuehui Chen / Long Ma / Zhuoran Wang / Haiyin Yang / Yong Li / Yuhua Weng / Yuanyu Huang / Xiyun Yan / Kelong Fan /
要旨: RNA interference (RNAi) represents a promising gene-specific therapy against tumors. However, its clinical translation is impeded by poor performance of lysosomal escape and tumor targeting. This ...RNA interference (RNAi) represents a promising gene-specific therapy against tumors. However, its clinical translation is impeded by poor performance of lysosomal escape and tumor targeting. This challenge is especially prominent in glioblastoma (GBM) therapy, necessitating the penetration of the blood-brain barrier (BBB). Leveraging the intrinsic tumor-targeting and BBB traversing capability of human H-ferritin, we designed a series of ferritin variants with positively charged cavity and truncated carboxyl terminus, termed tHFn(+). These nanocarriers respond to weak acid and disassemble in endosomal compartments, exposing the internal positive charges to facilitate the lysosomal escape of loaded small interfering RNA (siRNA). Functioning as universal siRNA nanocarriers, tHFn(+) significantly enhanced the uptake of different siRNAs and suppressed gene expressions associated with GBM progression. Furthermore, tHFn(+) traversed the BBB and targeted glioma in vivo by binding to its receptors (e.g., transferrin receptor 1). tHFn(+)-delivered siRNAs exhibited exceptional therapeutic effects against glioma in vivo, advancing RNAi therapeutics beyond GBM for the treatment of various diseases.
履歴
登録2024年10月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Ab: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Ac: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Ad: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Ae: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
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As: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
At: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Au: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Av: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Aw: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
Ax: Ferritin heavy chain, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)448,15624
ポリマ－448,15624
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin heavy chain, N-terminally processed


分子量: 18673.164 Da / 分子数: 24 / 変異: E61K,E64R,E140K,E147K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human ferritin heavy chain mutant / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: 1-159, E61K/E64R/E140K/E147K / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 18.6 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (Human) (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris, pH8.0, 50 mM NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1725802
3次元再構成解像度: 1.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 966873 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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