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- PDB-9kaj: Crystal Structure of Chalcone Syntase from Physcomitrella patens ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kaj
タイトルCrystal Structure of Chalcone Syntase from Physcomitrella patens complexed with Coenzyme A
要素Chalcone synthase
キーワードTRANSFERASE / Flavonoid / chalcone synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chalcone synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrium patens (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Imaizumi, R. / Waki, T. / Yasuda, A. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Sakai, N. / Yamamoto, M. / Nakayama, T. / Yamashita, S.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H05470 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02115 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24K23286 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101070 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis, dynamics, and mode of action of enhancer of flavonoid production in metabolon
著者: Imaizumi, R. / Waki, T. / Yasuda, A. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Sakai, N. / Yamamoto, M. / Nakayama, T. / Yamashita, S.
履歴
登録2024年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chalcone synthase
B: Chalcone synthase
C: Chalcone synthase
D: Chalcone synthase
E: Chalcone synthase
F: Chalcone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,64513
ポリマ－268,0946
非ポリマー2,5517
水5,819323
1
A: Chalcone synthase
D: Chalcone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3186
ポリマ－89,3652
非ポリマー9544
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Chalcone synthase
ヘテロ分子

B: Chalcone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1944
ポリマ－89,3652
非ポリマー8302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
3
C: Chalcone synthase
E: Chalcone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1323
ポリマ－89,3652
非ポリマー7681
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)190.170, 198.990, 68.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 14 through 97 or resid 99...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 14 through 97 or resid 99...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 14 through 97 or resid 99...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 14 through 97 or resid 99...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 14 through 97 or resid 99...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 14 through 97 or resid 99...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ARGARGLEULEUAA14 - 9730 - 113
d_12VALVALARGARGAA99 - 100115 - 116
d_13ASPASPGLUGLUAA102 - 209118 - 225
d_14HISHISGLYGLYAA211 - 262227 - 278
d_15LEULEUILEILEAA264 - 270280 - 286
d_16HISHISLEULEUAA272 - 273288 - 289
d_17LYSLYSSERSERAA275 - 396291 - 412
d_21ARGARGLEULEUBB14 - 9730 - 113
d_22VALVALARGARGBB99 - 100115 - 116
d_23ASPASPGLUGLUBB102 - 209118 - 225
d_24HISHISGLYGLYBB211 - 262227 - 278
d_25LEULEUILEILEBB264 - 270280 - 286
d_26HISHISLEULEUBB272 - 273288 - 289
d_27LYSLYSSERSERBB275 - 396291 - 412
d_31ARGARGLEULEUCC14 - 9730 - 113
d_32VALVALARGARGCC99 - 100115 - 116
d_33ASPASPGLUGLUCC102 - 209118 - 225
d_34HISHISGLYGLYCC211 - 262227 - 278
d_35LEULEUILEILECC264 - 270280 - 286
d_36HISHISLEULEUCC272 - 273288 - 289
d_37LYSLYSSERSERCC275 - 396291 - 412
d_41ARGARGLEULEUDD14 - 9730 - 113
d_42VALVALARGARGDD99 - 100115 - 116
d_43ASPASPGLUGLUDD102 - 209118 - 225
d_44HISHISGLYGLYDD211 - 262227 - 278
d_45LEULEUILEILEDD264 - 270280 - 286
d_46HISHISLEULEUDD272 - 273288 - 289
d_47LYSLYSSERSERDD275 - 396291 - 412
d_51ARGARGLEULEUEE14 - 9730 - 113
d_52VALVALARGARGEE99 - 100115 - 116
d_53ASPASPGLUGLUEE102 - 209118 - 225
d_54HISHISGLYGLYEE211 - 262227 - 278
d_55LEULEUILEILEEE264 - 270280 - 286
d_56HISHISLEULEUEE272 - 273288 - 289
d_57LYSLYSSERSEREE275 - 396291 - 412
d_61ARGARGLEULEUFF14 - 9730 - 113
d_62VALVALARGARGFF99 - 100115 - 116
d_63ASPASPGLUGLUFF102 - 209118 - 225
d_64HISHISGLYGLYFF211 - 262227 - 278
d_65LEULEUILEILEFF264 - 270280 - 286
d_66HISHISLEULEUFF272 - 273288 - 289
d_67LYSLYSSERSERFF275 - 396291 - 412

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.469888181673, -0.880665798482, 0.0602731126466), (0.882171860321, -0.466078360863, 0.0674074950875), (-0.0312714819385, 0.0848452292086, 0.995903299271)-54.82855576, 68.6044034468, 20.9230215372
2given(-0.537662114524, 0.843051491771, -0.013551119059), (-0.843114076832, -0.537731596361, -0.00183949012457), (-0.00883764977766, 0.0104361150854, 0.999906487352)-87.5294143482, -13.6973739203, -21.0392263985
3given(-0.272974674911, -0.639671771139, 0.718543563095), (-0.628872433718, -0.446576390613, -0.636466015948), (0.728013934596, -0.625611343051, -0.280367898446)4.16738990671, 15.0249224658, 9.07767404965
4given(-0.385550397048, -0.035786548248, -0.921992523994), (0.574248512139, 0.772831110881, -0.270130931884), (0.722211560169, -0.633601923149, -0.277414969565)-76.6566386069, -25.0987205092, -11.5105416991
5given(0.728353475708, 0.653039336668, 0.207462862189), (0.0912764238184, -0.392548501907, 0.915190847914), (0.67909486, -0.647645966879, -0.345521161012)-69.3310238836, 65.6370523646, -36.9777192321

-
要素

#1: タンパク質
Chalcone synthase


分子量: 44682.320 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (植物) / 遺伝子: PHYPA_029015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2VAZ3, chalcone synthase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 76561 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 35.45 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rrim(I) all: 0.39 / Net I/σ(I): 7.82
反射 シェル解像度: 2.64→2.8 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 12150 / CC1/2: 0.535 / Rrim(I) all: 1.8 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
REFMAC5.8.0430精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→48.13 Å / SU ML: 0.3492 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.6586
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 3827 5 %
Rwork0.1948 72649 -
obs0.1971 76476 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→48.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17438 0 160 323 17921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012118105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.345124524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06312713
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01423174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.60336833
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.565729156757
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.625717310195
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.915105543605
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.962622610718
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.933804680556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.64-2.670.3561380.2842612X-RAY DIFFRACTION98.14
2.67-2.710.30641380.27022618X-RAY DIFFRACTION98.57
2.71-2.750.32711410.26532678X-RAY DIFFRACTION98.39
2.75-2.780.30881380.26012599X-RAY DIFFRACTION98.31
2.78-2.830.31051390.2552655X-RAY DIFFRACTION98.66
2.83-2.870.30711410.25712666X-RAY DIFFRACTION98.66
2.87-2.920.32921390.24852643X-RAY DIFFRACTION98.93
2.92-2.970.31761420.24632693X-RAY DIFFRACTION98.92
2.97-3.020.29121380.24922614X-RAY DIFFRACTION98.46
3.02-3.080.30311400.24052674X-RAY DIFFRACTION99.05
3.08-3.140.29491410.24252675X-RAY DIFFRACTION99.26
3.14-3.210.26691410.23342673X-RAY DIFFRACTION99.29
3.21-3.290.28331410.22062676X-RAY DIFFRACTION99.33
3.29-3.370.26621410.22562682X-RAY DIFFRACTION99.23
3.37-3.460.28951420.21052691X-RAY DIFFRACTION99.19
3.46-3.560.27541410.20262678X-RAY DIFFRACTION99.47
3.56-3.680.22691410.18252690X-RAY DIFFRACTION99.93
3.68-3.810.24071450.17322741X-RAY DIFFRACTION99.79
3.81-3.960.21441410.17092689X-RAY DIFFRACTION99.86
3.96-4.140.19921430.15722715X-RAY DIFFRACTION99.65
4.14-4.360.18171430.15182707X-RAY DIFFRACTION99.58
4.36-4.630.19571430.15192723X-RAY DIFFRACTION99.34
4.63-4.990.19181440.15622731X-RAY DIFFRACTION99.14
4.99-5.490.18161450.16882741X-RAY DIFFRACTION99.45
5.49-6.280.20411450.18182762X-RAY DIFFRACTION99.32
6.28-7.910.21951470.16462786X-RAY DIFFRACTION99.26
7.91-48.130.17811490.15372837X-RAY DIFFRACTION95.64

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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