PDB-9kah: Crystal Structure of Chalcone Syntase and Chalcone Isomerase-like...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kah

タイトル

Crystal Structure of Chalcone Syntase and Chalcone Isomerase-like Protein Complex from Physcomitrella patens

要素

Chalcone synthase
Chalcone-flavonone isomerase family protein

キーワード

TRANSFERASE / Flavonoid / Protein-Protein Complex / chalcone synthase / chalcone isomerase-like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular lyase activity / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Physcomitrium patens (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Imaizumi, R. / Waki, T. / Yasuda, A. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Sakai, N. / Yamamoto, M. / Nakayama, T. / Yamashita, S.

資金援助

日本, 4件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23H05470	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H02115	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	24K23286	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20am0101070	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis, dynamics, and mode of action of enhancer of flavonoid production in metabolon
著者: Imaizumi, R. / Waki, T. / Yasuda, A. / Yanai, T. / Takeshita, K. / Sakai, N. / Yamamoto, M. / Nakayama, T. / Yamashita, S.

履歴

登録	2024年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9kah.ent.gz	420.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9kah_validation.pdf.gz	520.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kah_full_validation.pdf.gz	529.2 KB	表示
XML形式データ	9kah_validation.xml.gz	128.4 KB	表示
CIF形式データ	9kah_validation.cif.gz	178.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/9kah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/9kah	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9kaiC 9kajC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chalcone synthase

B: Chalcone synthase

C: Chalcone-flavonone isomerase family protein

D: Chalcone-flavonone isomerase family protein

E: Chalcone synthase

F: Chalcone synthase

G: Chalcone-flavonone isomerase family protein

H: Chalcone-flavonone isomerase family protein

ヘテロ分子

280 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chalcone synthase

B: Chalcone synthase

C: Chalcone-flavonone isomerase family protein

D: Chalcone-flavonone isomerase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Chalcone synthase

F: Chalcone synthase

G: Chalcone-flavonone isomerase family protein

H: Chalcone-flavonone isomerase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.900, 88.870, 117.970
Angle α, β, γ (deg.)	74.438, 74.318, 68.803
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	ASN	ASN	A	A	10 - 395	26 - 411
2	1	1	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	10 - 395	26 - 411
3	2	2	ALA	ALA	SER	SER	A	A	10 - 396	26 - 412
4	2	2	ALA	ALA	SER	SER	E	E	10 - 396	26 - 412
5	3	3	ARG	ARG	ASN	ASN	A	A	9 - 395	25 - 411
6	3	3	ARG	ARG	ASN	ASN	F	F	9 - 395	25 - 411
7	4	4	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	10 - 395	26 - 411
8	4	4	ALA	ALA	ASN	ASN	E	E	10 - 395	26 - 411
9	5	5	ALA	ALA	ASN	ASN	B	B	10 - 395	26 - 411
10	5	5	ALA	ALA	ASN	ASN	F	F	10 - 395	26 - 411
11	6	6	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	4 - 208	20 - 224
12	6	6	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	4 - 208	20 - 224
13	7	7	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	4 - 208	20 - 224
14	7	7	GLN	GLN	ALA	ALA	G	G	4 - 208	20 - 224
15	8	8	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	4 - 208	20 - 224
16	8	8	GLN	GLN	ALA	ALA	H	H	4 - 208	20 - 224
17	9	9	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	4 - 208	20 - 224
18	9	9	GLN	GLN	ALA	ALA	G	G	4 - 208	20 - 224
19	10	10	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	4 - 208	20 - 224
20	10	10	GLN	GLN	ALA	ALA	H	H	4 - 208	20 - 224
21	11	11	ALA	ALA	ASN	ASN	E	E	10 - 395	26 - 411
22	11	11	ALA	ALA	ASN	ASN	F	F	10 - 395	26 - 411
23	12	12	GLN	GLN	ALA	ALA	G	G	4 - 209	20 - 225
24	12	12	GLN	GLN	ALA	ALA	H	H	4 - 209	20 - 225

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24

#1: タンパク質	Chalcone synthase 分子量: 44682.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (植物) / 遺伝子: PHYPA_029015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2VAZ3, chalcone synthase
#2: タンパク質	Chalcone-flavonone isomerase family protein 分子量: 25317.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Physcomitrium patens (植物) / 遺伝子: PHYPA_006757 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A9SRW1
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, potassium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 216275 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.89 % / CC_1/2: 0.986 / R_rim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 5.16
反射シェル	解像度: 1.92→2.04 Å / 冗長度: 2.94 % / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 34942 / CC_1/2: 0.61 / R_rim(I) all: 1.13 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2-5419	精密化
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.92→49.186 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2126	10913	5.046 %
R_work	0.1773	205362	-
all	0.179	-	-
obs	-	216275	99.003 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.798 Å²	-0.806 Å²	-0.882 Å²
2-	-	-0.904 Å²	1.529 Å²
3-	-	-	1.166 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→49.186 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18156	0	26	2644	20826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	18751
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	17999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.538	1.824	25428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.709	1.748	41681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.936	5	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.723	5	83
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.28	10	3203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.848	10	773
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.178	0.2	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	21868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	3773
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	16814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	9409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	9556
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.077	0.2	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.095	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.076	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.634	3.087	9618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.634	3.087	9618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.227	5.506	12047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.226	5.507	12048
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.945	3.397	9133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.945	3.397	9134
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.269	6.059	13381
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.269	6.059	13382
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.702	30.533	21243
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.62	29.152	20557
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.088	0.05	12258
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.088	0.05	12310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.091	0.05	12302
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.088	0.05	12335
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.092	0.05	12313
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.117	0.05	6317
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.123	0.05	6302
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.125	0.05	6340
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.117	0.05	6324
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.125	0.05	6310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.094	0.05	12292
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.131	0.05	6285

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08837	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08837	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08779	0.05008
2	4	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08779	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09135	0.05008
3	6	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09135	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08797	0.05008
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08797	0.05008
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09245	0.05008
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09245	0.05008
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1172	0.05007
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1172	0.05007
7	13	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12293	0.05007
7	14	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12293	0.05007
8	15	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12509	0.05007
8	16	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12509	0.05007
9	17	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11671	0.05007
9	18	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11671	0.05007
10	19	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12461	0.05007
10	20	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12461	0.05007
11	21	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09442	0.05008
11	22	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09442	0.05008
12	23	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13083	0.05007
12	24	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13083	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.92-1.97	0.357	787	0.327	15190	0.328	16139	0.885	0.901	98.9962	0.331
1.97-2.024	0.319	785	0.285	14856	0.286	15779	0.911	0.924	99.1254	0.288
2.024-2.082	0.288	736	0.256	14402	0.258	15269	0.924	0.938	99.1421	0.258
2.082-2.146	0.28	757	0.232	13963	0.235	14843	0.935	0.95	99.1713	0.23
2.146-2.216	0.266	697	0.21	13604	0.213	14419	0.945	0.962	99.1816	0.205
2.216-2.294	0.243	689	0.193	13125	0.195	13934	0.959	0.969	99.1388	0.185
2.294-2.38	0.224	701	0.175	12600	0.177	13456	0.961	0.976	98.8481	0.165
2.38-2.477	0.221	633	0.177	12157	0.179	12923	0.966	0.977	98.9708	0.166
2.477-2.587	0.219	646	0.171	11633	0.173	12434	0.967	0.98	98.7534	0.16
2.587-2.713	0.225	641	0.16	11048	0.163	11802	0.967	0.983	99.0425	0.151
2.713-2.859	0.205	581	0.162	10646	0.165	11330	0.971	0.983	99.0909	0.156
2.859-3.032	0.228	545	0.166	10001	0.169	10654	0.966	0.982	98.9863	0.162
3.032-3.241	0.188	499	0.165	9415	0.166	10031	0.978	0.983	98.8336	0.165
3.241-3.499	0.226	451	0.172	8743	0.175	9339	0.97	0.984	98.4474	0.175
3.499-3.831	0.187	427	0.166	8107	0.167	8636	0.982	0.986	98.8189	0.174
3.831-4.28	0.172	376	0.136	7292	0.138	7747	0.982	0.989	98.9802	0.151
4.28-4.936	0.148	326	0.133	6484	0.134	6875	0.986	0.99	99.0545	0.156
4.936-6.03	0.182	262	0.16	5483	0.161	5788	0.983	0.987	99.2571	0.184
6.03-8.465	0.167	235	0.168	4235	0.168	4502	0.983	0.985	99.2892	0.2
8.465-49.186	0.156	139	0.168	2378	0.167	2540	0.984	0.981	99.0945	0.209

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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