PDB-9k9m: X-ray structure of FBB18 from Chlamydomonas reinhardtii.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9k9m

タイトル

X-ray structure of FBB18 from Chlamydomonas reinhardtii.

要素

Flagellar associated protein

キーワード

MOTOR PROTEIN / dynein

機能・相同性

Cilia- and flagella-associated protein 298 / Cilia- and flagella-associated protein 298 / regulation of cilium movement / Flagellar associated protein

機能・相同性情報

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Sahashi, Y. / Tanaka, H. / Shimo-Kon, R. / Yamamoto, R. / Kurisu, G. / Kon, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Chlamydomonas FBB18 is a ubiquitin-like protein essential for the cytoplasmic preassembly of various ciliary dyneins.
著者: Yamamoto, R. / Sahashi, Y. / Shimo-Kon, R. / Sakato-Antoku, M. / Suzuki, M. / Luo, L. / Tanaka, H. / Ishikawa, T. / Yagi, T. / King, S.M. / Kurisu, G. / Kon, T.

履歴

登録	2024年10月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9k9m.cif.gz	398.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9k9m.ent.gz	271.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9k9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9k9m_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9k9m_full_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示
XML形式データ	9k9m_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	9k9m_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/9k9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/9k9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Flagellar associated protein

C: Flagellar associated protein

B: Flagellar associated protein

D: Flagellar associated protein

106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.954, 152.093, 116.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Flagellar associated protein 分子量: 26558.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: CHLRE_16g688450v5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K3CU42
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG8000, 100 mM HEPES (pH7.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 91792 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 52.52 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / R_merge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 14545 / CC_1/2: 0.732

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→34.61 Å / SU ML: 0.3724 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.5764 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2506	3752	4.09 %
R_work	0.1982	87992	-
obs	0.2003	91744	98.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6469	0	0	118	6587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	6581
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9544	8896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0539	1004
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.1816	4072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.4363	127	0.3575	3048	X-RAY DIFFRACTION	91
2.33-2.36	0.394	137	0.347	3201	X-RAY DIFFRACTION	97.12
2.36-2.39	0.3554	139	0.3292	3272	X-RAY DIFFRACTION	97.18
2.39-2.43	0.3371	135	0.3187	3260	X-RAY DIFFRACTION	97.75
2.43-2.46	0.3529	136	0.3136	3188	X-RAY DIFFRACTION	97.36
2.46-2.5	0.4037	136	0.3044	3257	X-RAY DIFFRACTION	96.75
2.5-2.54	0.3841	138	0.2846	3182	X-RAY DIFFRACTION	96.99
2.54-2.59	0.3076	140	0.266	3227	X-RAY DIFFRACTION	95.87
2.59-2.64	0.3154	133	0.2618	3193	X-RAY DIFFRACTION	96.27
2.64-2.69	0.3047	139	0.26	3214	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2.69-2.74	0.3393	139	0.2544	3279	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.74-2.8	0.2627	139	0.2487	3265	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.8-2.87	0.4001	146	0.2389	3321	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.87-2.94	0.277	142	0.2382	3294	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.94-3.02	0.2697	140	0.2342	3280	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.02-3.1	0.2825	146	0.2362	3321	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.1-3.21	0.3139	139	0.2184	3299	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.21-3.32	0.273	144	0.2239	3337	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3.32-3.45	0.3027	141	0.2147	3299	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.45-3.61	0.2337	140	0.196	3345	X-RAY DIFFRACTION	99.01
3.61-3.8	0.2539	142	0.1932	3219	X-RAY DIFFRACTION	98.74
3.8-4.04	0.2124	140	0.1671	3271	X-RAY DIFFRACTION	98.67
4.04-4.35	0.2105	140	0.1619	3299	X-RAY DIFFRACTION	98.65
4.35-4.79	0.1573	142	0.1416	3210	X-RAY DIFFRACTION	97.24
4.79-5.47	0.2067	138	0.1623	3274	X-RAY DIFFRACTION	97.91
5.47-6.89	0.242	135	0.1758	3316	X-RAY DIFFRACTION	99.68
6.89-34.61	0.1934	139	0.1445	3321	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 61.5561228032 Å / Origin y: 37.6811072045 Å / Origin z: -0.170861886489 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.388585635386 Å²	-0.00328676390672 Å²	-0.0292355800824 Å²	-	0.426504455815 Å²	0.00236205354188 Å²	-	-	0.486949611701 Å²
L	0.103907970327 °²	0.0765370772948 °²	-0.0473914330421 °²	-	0.738228214812 °²	-0.053092944305 °²	-	-	0.0218977275959 °²
S	-0.073568336246 Å °	0.0290831243898 Å °	0.0309861645067 Å °	0.0388462935351 Å °	0.00735174475875 Å °	-0.0301630071865 Å °	-0.0671646147582 Å °	0.0288639771435 Å °	0.0737346147695 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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