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- PDB-9k8z: Crystal structure of DNA/RNA duplex obtained using the counter di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k8z
タイトルCrystal structure of DNA/RNA duplex obtained using the counter diffusion method in space (K form)
要素
  • DNA (5'-D(*(5CM)P*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*(5CM))-3')
  • RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
キーワードRNA/DNA / counter diffusion method / space / microgravity / RNA-DNA complex
機能・相同性SPERMINE / DNA / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kondo, J. / Ando, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121014 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: The first report of structural analysis of a nucleic acid using crystals grown in space.
著者: Ando, S. / Takahashi, M. / Kondo, J.
履歴
登録2024年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*(5CM)P*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*(5CM))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8453
ポリマ－5,6432
非ポリマー2021
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area3490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.656, 48.656, 45.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2981.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*(5CM)P*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*(5CM))-3')


分子量: 2660.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: counter-diffusion / 詳細: potassium chloride, MPD, spermine, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→24.33 Å / Num. obs: 12207 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 20.74
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.43-1.440.3512220.930.3861
1.44-1.450.3892460.9150.4291
1.45-1.460.3622070.910.3991
1.46-1.470.3862310.9040.4261
1.47-1.50.276140.9460.2971
1.5-1.60.19917170.9760.221
1.6-20.07839910.9960.0871
2-30.04329440.9990.0481
3-40.0327330.9990.0351
4-50.032530.9980.0331
5-24.330.0252850.9990.0281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U6M

4u6m


解像度: 1.4→24.33 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 25.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1957 1236 10.13 %
Rwork0.1851 --
obs0.1862 12207 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 374 14 74 462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.037
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.619189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00818
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.450.25871400.2621192X-RAY DIFFRACTION98
1.45-1.520.26221400.231225X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.60.24741320.21841188X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.70.22841370.21881222X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.830.22551390.20451222X-RAY DIFFRACTION100
1.83-2.020.24411390.20771216X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.310.21011400.20971227X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.910.20771320.20931234X-RAY DIFFRACTION100
2.91-24.330.15381370.14551245X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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