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- PDB-9k8o: Crystal structure of a short zinc-dependent DNAzyme minGAA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k8o
タイトルCrystal structure of a short zinc-dependent DNAzyme minGAA
要素
  • DNAzyme minGAA, catalytic strand
  • substrate strand for DNAzyme minGAA
キーワードDNA-RNA HYBRID / DNAzyme / RNA cleavage / Zinc-dependent
機能・相同性DNA / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Yamasaki, K. / Yamasaki, T. / Kubota, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A minimal Zn2+-dependent RNA-cleaving DNAzyme and its B-DNA-like crystal and solution structures
著者: Yamasaki, K. / Inomata, R. / Yamasaki, T. / Kubota, T. / Miyashita, N. / Takeuchi, K. / Miyagishi, M.
履歴
登録2024年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNAzyme minGAA, catalytic strand
B: substrate strand for DNAzyme minGAA
C: DNAzyme minGAA, catalytic strand
D: substrate strand for DNAzyme minGAA
E: DNAzyme minGAA, catalytic strand
F: substrate strand for DNAzyme minGAA
G: DNAzyme minGAA, catalytic strand
H: substrate strand for DNAzyme minGAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,09711
ポリマ－25,9018
非ポリマー1963
水41423
1
A: DNAzyme minGAA, catalytic strand
B: substrate strand for DNAzyme minGAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5413
ポリマ－6,4752
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area3670 Å2
手法PISA
2
C: DNAzyme minGAA, catalytic strand
D: substrate strand for DNAzyme minGAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5413
ポリマ－6,4752
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area3460 Å2
手法PISA
3
E: DNAzyme minGAA, catalytic strand
F: substrate strand for DNAzyme minGAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5413
ポリマ－6,4752
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area3680 Å2
手法PISA
4
G: DNAzyme minGAA, catalytic strand
H: substrate strand for DNAzyme minGAA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4752
ポリマ－6,4752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area4010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.861, 81.881, 81.776
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: DNA鎖
DNAzyme minGAA, catalytic strand


分子量: 2989.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA/RNAハイブリッド
substrate strand for DNAzyme minGAA


分子量: 3485.272 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 35% MPD, 40 mM sodium cacodylate (7.0), 12 mM spermine, 80 mM NaCl, 12 mM KCl, 1 mM ZnCl2, and 20 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→40.94 Å / Num. obs: 5372 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.29 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.04→3.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1525 / CC1/2: 0.933

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.04→40.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 28.366 / SU ML: 0.509 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.529 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29728 267 5 %RANDOM
Rwork0.20544 ---
obs0.20995 5105 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 98.974 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.04→40.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1658 3 23 1684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0111855
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.1782846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5492.9732143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.6910.4031855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.68910.4041854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.49715.5962846
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined19.65695.5652717
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other19.65895.5432717
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.04→3.116 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 17 -
Rwork0.382 336 -
obs--93.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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