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- PDB-9k7q: Parkinson disease protein 7 (DJ-1) and Alpha-synuclein (Alpha-syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k7q
タイトルParkinson disease protein 7 (DJ-1) and Alpha-synuclein (Alpha-syn) complex
要素
  • Alpha-synuclein
  • Parkinson disease protein 7
キーワードPROTEIN BINDING / Parkinson disease protein 7 (DJ-1) / Alpha-synuclein (Alpha-syn)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization ...positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / glycolate biosynthetic process / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / methylglyoxal metabolic process / detoxification of mercury ion / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / protein deglycase / mercury ion binding / hydrogen peroxide metabolic process / positive regulation of dopamine biosynthetic process / protein deglycase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / lactate biosynthetic process / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / protein repair / peptidase inhibitor activity / cellular detoxification of aldehyde / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / small protein activating enzyme binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / detoxification of copper ion / negative regulation of protein sumoylation / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein export from nucleus / cupric ion binding / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / membrane hyperpolarization / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / mitochondrial membrane organization / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / oxygen sensor activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / regulation of glutamate secretion / insulin secretion / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / dopamine biosynthetic process / nuclear androgen receptor binding / response to iron(II) ion / SNARE complex assembly / regulation of locomotion / positive regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of dopamine metabolic process / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / regulation of macrophage activation / regulation of norepinephrine uptake / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / androgen receptor signaling pathway / transporter regulator activity / synaptic vesicle priming / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / dopamine uptake involved in synaptic transmission / protein kinase inhibitor activity / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of dopamine secretion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / dynein complex binding / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / positive regulation of receptor recycling / cuprous ion binding / nuclear outer membrane / response to magnesium ion
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein / Class I glutamine amidotransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-synuclein / Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.58 Å
データ登録者Han, C.W. / Kim, D.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Parkinson disease protein 7 (DJ-1) and Alpha-synuclein (Alpha-syn) complex
著者: Han, C.W. / Kim, D.H. / Jang, S.B.
履歴
登録2024年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parkinson disease protein 7
D: Parkinson disease protein 7
E: Parkinson disease protein 7
F: Parkinson disease protein 7
H: Parkinson disease protein 7
J: Parkinson disease protein 7
M: Alpha-synuclein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,1267
ポリマ－127,1267
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, 300kDa
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.285, 75.274, 75.390
Angle α, β, γ (deg.)89.89, 89.92, 60.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
1111
1212
1313
1414
1515

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Parkinson disease protein 7 / Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1 / ...Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1 / Protein/nucleic acid deglycase DJ-1


分子量: 19670.768 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, protein deglycase
#2: タンパク質 Alpha-synuclein / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 9101.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCA, NACP, PARK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37840
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium iodide, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2024年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.53→50 Å / Num. obs: 5769 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 1.2
反射 シェル解像度: 4.53→4.61 Å / Num. unique obs: 7763 / CC1/2: 0.947

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.58→7.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 73.074 / SU ML: 0.923 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22247 326 5.3 %RANDOM
Rwork0.14495 ---
obs0.14866 5769 75.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.437 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.08 Å28.8 Å22.54 Å2
2--23.63 Å2-22.21 Å2
3----6.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 4.58→7.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8885 0 0 0 8885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0129019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4511.63112166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.91851207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.42223.608352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.244151635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8891542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.8226.3654849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.4099.5166049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.2016.2854170
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined25.53637805
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A5833
12D5833
21A5812
22E5812
31A5824
32F5824
41A5841
42H5841
51A5827
52J5827
61D5796
62E5796
71D5829
72F5829
81D5810
82H5810
91D5807
92J5807
101E5818
102F5818
111E5806
112H5806
121E5819
122J5819
131F5830
132H5830
141F5830
142J5830
151H5822
152J5822
LS精密化 シェル解像度: 4.584→4.702 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.086 18 -
Rwork0.141 419 -
obs--65.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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