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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9k6z | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 related bat coronavirus BANAL-52 spike in the locked state | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Spike glycoprotein | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 related bat coronavirus BANA-52 spike with linoleic acid binding | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Li, Q.Q. / Cai, X. / Li, X.N. / Zhang, Y.B. / Li, R. / Kang, Z.R. / Wan, D.D. / Wang, J.X. / Yang, J.X. / Shi, J.X. ...Li, Q.Q. / Cai, X. / Li, X.N. / Zhang, Y.B. / Li, R. / Kang, Z.R. / Wan, D.D. / Wang, J.X. / Yang, J.X. / Shi, J.X. / Jin, S.L. / Peng, Y. / Zang, N. / Xie, Z.K. / Wan, Y.S. / Shang, J. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characteristics of Spike Activation,Structure and Host Proteases Adaption Revealed Limitations for SARS-CoV-2 related Coronavirus Cell Entry 著者: Li, Q.Q. / Cai, X. / Li, X.N. / Zhang, Y.B. / Li, R. / Kang, Z.R. / Wan, D.D. / Wang, J.X. / Yang, J.X. / Shi, J.X. / Jin, S.L. / Peng, Y. / Zang, N. / Xie, Z.K. / Wan, Y.S. / Shang, J. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 706 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 484.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 96.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 145.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 62143MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138414.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: S / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: A0AA49X976 #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 related bat coronavirus BANAL-52 spike protein タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 450 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: Mammalia (両生類) |
ウイルスについての詳細 | タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20175 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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