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- PDB-9k6m: Crystal structure of the Dictyostelium discoideum mitochondrial c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k6m
タイトルCrystal structure of the Dictyostelium discoideum mitochondrial calcium uptake protein (DdMICU)
要素EF-hand domain-containing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / MICU
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial calcium ion transport / uniplex complex / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / mitochondrial intermembrane space / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Calcium uptake protein 1/2/3 / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
EF-hand domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Jin, M. / Yang, J. / Park, J. / Kim, H. / Eom, S.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1A2C1006267 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)No. RS-2024-00344154 韓国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structure of MICU from non-metazoan Dictyostelium discoideum reveals unique characteristics.
著者: Jin, M. / Yang, J. / Park, J. / Kim, H. / Eom, S.H.
履歴
登録2024年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EF-hand domain-containing protein
B: EF-hand domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2048
ポリマ－84,9642
非ポリマー2406
水1,40578
1
A: EF-hand domain-containing protein
B: EF-hand domain-containing protein
ヘテロ分子

A: EF-hand domain-containing protein
B: EF-hand domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,40816
ポリマ－169,9274
非ポリマー48112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x,-y-1/2,-z+1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)103.937, 103.937, 297.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 EF-hand domain-containing protein / mitochondrial calcium uptake protein


分子量: 42481.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: DDB_G0287825 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54JS1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MIB buffer (Molecular Dimensions) pH 5.5, 20% (w/v) PEG 1500, 10 mM 3-((3-cholamidopropyl) dimethylammonio)-1-propanesulfonate (CHAPS), and 10 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月17日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.6 Å / Num. obs: 28688 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 3190 / CC1/2: 0.815

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0415精密化
PHENIX1.21精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.502→49.109 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.267 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1408 5.008 %
Rwork0.2209 26709 -
all0.223 --
obs-28117 97.996 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.665 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.151 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.151 Å20 Å2
3----0.301 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→49.109 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4187 0 6 78 4271
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.502-2.5670.3561070.28919680.29220750.8980.9351000.267
2.567-2.6370.3551100.29919250.30320350.8920.9331000.281
2.637-2.7130.332820.27918860.28119680.920.941000.258
2.713-2.7970.269980.26518120.26519100.9510.9491000.244
2.797-2.8880.252900.24417680.24418580.9550.9561000.222
2.888-2.9890.266720.21517340.21718060.9520.9671000.191
2.989-3.1010.256820.20916620.21117440.9540.971000.177
3.101-3.2270.376860.25215920.25816870.9260.96699.46650.2
3.227-3.370.324830.28214820.28516170.9460.9696.78420.219
3.37-3.5340.36750.24213750.24715460.920.96493.79040.19
3.534-3.7240.267650.24712320.24814620.9560.96388.71410.192
3.724-3.9490.261680.21912140.22114220.9530.97290.15470.175
3.949-4.2190.249840.17511770.1813160.970.98195.82070.155
4.219-4.5550.155480.15311750.15312380.9850.98798.78840.149
4.555-4.9850.203510.16210870.16411500.9820.98498.95650.157
4.985-5.5660.2490.189960.18110450.9740.9791000.175
5.566-6.4140.213610.2168720.2169340.9680.9799.89290.214
6.414-7.8220.222450.2127660.2138110.970.9691000.214
7.822-10.9240.195370.1616030.1636460.9820.98599.07120.182
10.924-49.1090.268150.283830.284140.9730.95196.13530.316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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