PDB-9k4q: Crystal structure of designed zinc-induced homodimer C2-Zn1-HEHE-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9k4q

タイトル

Crystal structure of designed zinc-induced homodimer C2-Zn1-HEHE-2

要素

C2-Zn1-HEHE-2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Dimer / Zinc-binding protein

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Qu, Y.N. / Cao, L.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: De novo design of metal ion regulated protein assemblies
著者: Qu, Y.N. / Cao, L.X.

履歴

登録	2024年10月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9k4q.cif.gz	51.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9k4q.ent.gz	35.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9k4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9k4q_validation.pdf.gz	891.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9k4q_full_validation.pdf.gz	892.2 KB	表示
XML形式データ	9k4q_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	9k4q_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/9k4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/9k4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62154C 62155C 62156C 62157C 62158C 62159C 62160C 62161C 62162C 62163C 62165C 62166C 62167C 62168C 62169C 62170C 62171C 62172C 62173C 62174C 62175C 62176C 62177C 9k5hC 9k5pC 9k6oC 9k7tC 9k7uC 9k7wC 9k7xC 9k7yC 9k7zC 9k80C 9k81C 9k82C 9k83C 9k84C 9k85C 9k86C 9k87C 9k89C 9k8aC 9k8bC 9k8cC 9k8dC 9k8eC 9k8fC 9k8gC 9k8hC 9k8iC 9k8jC 9k8kC 9k8lC C: 同じ文献を引用 (文献)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C2-Zn1-HEHE-2

C: C2-Zn1-HEHE-2

ヘテロ分子

26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.643, 93.272, 31.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	C2-Zn1-HEHE-2 分子量: 13010.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH7.5, 22% PEG400, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→27.87 Å / Num. obs: 10526 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.03454 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2→2.072 Å / R_merge(I) obs: 0.1201 / Num. unique obs: 1024

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: RoseTTAFold

解像度: 2→27.87 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 24.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2478	1062	10.09 %
R_work	0.1901	-	-
obs	0.196	10524	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→27.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1460	0	1	99	1560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.779
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.212
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.09	0.255	128	0.1786	1149	X-RAY DIFFRACTION	98
2.09-2.2	0.2866	125	0.1922	1166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.34	0.272	144	0.1965	1207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.52	0.2177	123	0.1851	1185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.77	0.2884	138	0.1906	1180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.17	0.2753	137	0.1983	1198	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-4	0.226	123	0.1821	1189	X-RAY DIFFRACTION	100
4-27.87	0.2251	144	0.194	1188	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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