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万見
- PDB-9k4i: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k4i
タイトルCryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer
要素
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 1,Extended tegument protein pp150
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Short transient receptor potential channel 1 / Short transient receptor potential channel 5
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / viral tegument / melanin biosynthetic process / TRP channels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex ...regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / viral tegument / melanin biosynthetic process / TRP channels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / actinin binding / TRP channels / clathrin binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / regulation of cardiac conduction / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / Ion homeostasis / calcium channel complex / positive regulation of neuron differentiation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / bioluminescence / cell chemotaxis / generation of precursor metabolites and energy / response to calcium ion / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / neuron differentiation / calcium ion transport / presynapse / outer membrane-bounded periplasmic space / actin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / growth cone / ATPase binding / neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / periplasmic space / receptor complex / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / DNA damage response / structural molecule activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 1 / Herpesvirus UL11/UL32 / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32 / Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site ...Transient receptor potential channel, canonical 1 / Herpesvirus UL11/UL32 / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32 / Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Green fluorescent protein, GFP / Ankyrin repeat / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Chem-YZY / Extended tegument protein pp150 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Short transient receptor potential channel 1 / Short transient receptor potential channel 5
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Chen, Y.X. / Cheng, X.Y. / Zhang, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer
著者: Chen, Y.X. / Cheng, X.Y.
履歴
登録2024年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 1,Extended tegument protein pp150
C: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
D: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)583,71314
ポリマ－579,7534
非ポリマー3,96010
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / TrpC5 / Capacitative calcium ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / TrpC5 / Capacitative calcium entry channel 2 / CCE2 / Transient receptor protein 5 / TRP-5 / mTRP5 / Trp-related protein 5


分子量: 136984.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Flag-Flag-Flag-MBP-mTRPC5
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, Trpc5, Trp5, Trrp5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q9QX29
#2: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 1,Extended tegument protein pp150 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / TrpC1 / Transient receptor ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / TrpC1 / Transient receptor protein 1 / TRP-1


分子量: 168800.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MBP-hTRPC1-GFP-Strep-Strep
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, TRPC1, TRP1, UL32 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P48995, UniProt: A0A076JQ90
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE


分子量: 486.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-YZY / (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate


分子量: 594.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H70O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: 4D-STEM / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143788 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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