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- PDB-9k3w: Crystal structure of putative transcription regulator (dr_2454) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k3w
タイトルCrystal structure of putative transcription regulator (dr_2454) from Deinococcus radiodurans
要素Transcriptional regulator, PbsX family
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Helix-turn-helix motif
機能・相同性Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Transcriptional regulator, PbsX family
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Khakerwala, Z. / Kumar, A. / Makde, R.D.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of putative transcription regulator (dr_2454) from Deinococcus radiodurans
著者: Khakerwala, Z. / Kumar, A. / Makde, R.D.
履歴
登録2024年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PbsX family
B: Transcriptional regulator, PbsX family
C: Transcriptional regulator, PbsX family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1614
ポリマ－21,9673
非ポリマー1941
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.779, 29.618, 115.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 38 or (resid 39...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 38 or (resid 39...
d_3ens_1(chain "C" and resid 2 through 63)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 2 - 63 / Label seq-ID: 2 - 63

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3CC

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.454100943113, -0.890841269232, 0.0139343638767), (-0.890273566744, -0.454309993193, -0.0318654427449), (0.0347175722175, 0.00206473177431, -0.999395030537)16.3519509163, 30.8767693806, 77.4373087159
2given(0.644204133244, 0.750204459922, 0.148977525234), (0.742222681186, -0.660200624807, 0.115067921411), (0.184679523078, 0.0364472676385, -0.982122736952)-19.86442066, 35.0522625327, 38.8983552521

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PbsX family


分子量: 7322.319 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: DR_2454 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RRN4
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.76 % / 解説: it was a cuboidal crystal
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH7 30% Jeffamine ED-2001 pH7
Temp details: temperature fluctuation was there from 293-294

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→25.3 Å / Num. obs: 21529 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 24.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.947 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1051 / CC1/2: 0.819 / Χ2: 1.02 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→25.3 Å / SU ML: 0.193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9469
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2457 1067 4.96 %
Rwork0.2065 20452 -
obs0.2083 21519 96.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1517 0 13 97 1627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00481546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82282072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5729604
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.05836168805
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.0665851156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.670.34691170.29452513X-RAY DIFFRACTION95.26
1.67-1.760.30341230.25372518X-RAY DIFFRACTION96.18
1.76-1.870.241210.24172515X-RAY DIFFRACTION96.35
1.87-2.020.25771590.22472502X-RAY DIFFRACTION96.66
2.02-2.220.2771160.21572567X-RAY DIFFRACTION96.93
2.22-2.540.25721550.20892550X-RAY DIFFRACTION97.83
2.54-3.20.24691480.22352600X-RAY DIFFRACTION97.9
3.2-25.30.21991280.17912687X-RAY DIFFRACTION97.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.616871517040.5512602386861.905997880167.449755633181.645878648653.26003876337-0.1348007047770.500595407386-0.372730301889-0.335708145620.0285986310266-0.5243532879020.08025055012481.056349414720.1041114902840.222839332365-0.008057239955630.04819788814670.1825209311170.01239415369050.2842975646530.83810.7332.311
23.43820776991-1.91187377309-2.26349872844.652198410210.7149690331374.64207616497-0.1667231068060.18486760827-0.134075422454-0.1399203739280.05620305362270.3016637749660.171175678928-0.07448766219290.1421185259080.176538945698-0.0334373087342-0.002869812374870.1664022510380.0002286763025750.244035097297-9.86211.1130.93
34.366643132381.506470153185.377399924374.5571402751.555005516856.63469888533-0.03125871853880.440980652023-0.0375015090648-0.00600619395380.0243829534975-0.223140121341-0.281759963660.2687623896930.05202055531120.251800832547-0.02587279173450.02437576510.223016374950.03558320916350.218371202886-5.19221.4327.899
43.149466290923.260458139353.45826886033.676385458034.004182226374.345666644610.04547587761560.787915007279-0.635361898705-1.20044585053-0.0609574109344-0.74826753804-0.1826644789610.578278288933-0.0820096490760.370686629565-0.03560801017150.03379461584650.3972384707170.01129445935910.3096462430461.98817.57722.639
57.77223316362-1.94575117944-4.048392046096.756667798462.705831502412.63133267027-0.350482232962-1.031579373840.1398690205761.371952706570.133427967527-0.6092951872391.265444292160.804183034090.2074357996120.396598835920.0754917231031-0.05902142555980.2818833616610.02500021240630.2909373604878.37924.0347.574
66.28489017031-1.04588473141-1.661993116645.55373151384-0.8930630916824.183675078020.0780829836223-0.3925870765570.3508879922040.959364612057-0.03722685313790.0106802549692-0.4933117689590.113827219875-0.01522262205560.323724982628-0.01410948687930.02909467561230.1287043052350.01037701494320.2091591609572.7232.23744.968
76.582223540970.7947829199130.9392009449255.58348107040.9692751713525.062710779470.207847040374-0.793272230827-0.3897158353440.7145829484650.172025669524-0.1578778853430.671392309345-0.142920610652-0.4114301458820.3741334350640.00772742408651-0.01540866674480.2667521417040.02025637770510.177744634591-0.77822.78353.159
85.40698907838-2.53165080946-3.800783869392.450226606961.293602599662.94338788530.168188003002-0.2728227959980.2353098750970.115459333699-0.01432936631640.230796388735-1.013767370440.0824376907581-0.1470139342290.3442100776280.0625891299262-0.02347910187770.446860190091-0.01856947432840.21378536026-6.27432.6439.301
96.25997856813-1.137758814994.605656865842.4044301392-2.443041670747.488563249450.6470387894430.828604827515-0.551542205377-0.867605672881-0.5573380319050.4110524811790.1054738507070.1290432188150.1018329088150.3576410275040.160910607224-0.09569505968350.560802836141-0.1686023380150.334718292568-8.04525.7180.488
101.82248740303-3.385272496990.9361642172159.353687826471.117156182198.21318461350.2815970558760.503694434056-1.29255565959-0.05003195654750.01079898834180.9760785375970.36430223834-1.22201610798-0.1770286679190.3101585693390.0514139006193-0.04514585868420.759382645635-0.07454578773870.588327875215-14.74624.0316.292
118.37787661532-0.537297216626-4.13998777845.433183255263.830190975224.379138563451.115523747740.2134937357720.149879038132-1.428029077010.661075917272.37813118643-0.672566528964-2.15379096785-0.874377115510.43828209473-0.0554314128918-0.2800876863810.9350047861430.2344582107810.579317734732-15.45325.05615.481
127.069624135513.30335866089-3.897679764964.70354428721-5.056612331255.405300419830.1883583390480.566235333318-0.399444295141-0.828921333816-0.3710311953290.04069076498250.3553238704550.2002643073560.1916960002190.3034387044070.00335973098637-0.03409936178440.377261073597-0.04603486466250.227820908605-3.12420.26111.635
137.31367845593-2.70207667604-5.572911994958.840094866423.759138404899.02416555242-0.0363242262862-0.1322029420120.1063123458930.961398255334-0.1893191844240.285081400998-0.3102278214190.2256889052020.1100413427690.357271848837-0.0930594151243-0.01995895717320.2901624083090.05037161636570.192650112592-3.14527.76518.878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:16 )A1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 17:42 )A17 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 43:53 )A43 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 54:63 )A54 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 2:12 )B2 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 13:42 )B13 - 42
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 43:65 )B43 - 65
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 2:13 )C2 - 13
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 14:24 )C14 - 24
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 25:35 )C25 - 35
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 36:42 )C36 - 42
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 43:53 )C43 - 53
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 54:65 )C54 - 65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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