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万見
- PDB-9k3t: Cryo-EM structure of TMPRSS2 in complex with Fab fragments of 752... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k3t
タイトルCryo-EM structure of TMPRSS2 in complex with Fab fragments of 752 mAb and 2228 mAb
要素
  • Fab 2228 heavy chain
  • Fab 2228 light chain
  • Fab 752 heavy chain
  • Fab 752 light chain
  • Transmembrane protease serine 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / positive regulation of viral entry into host cell / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / serine-type endopeptidase activity / proteolysis ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / positive regulation of viral entry into host cell / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat ...Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protease serine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Katsura, K. / Hisano, T. / Matsumoto, T. / Shirouzu, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: iScience / 年: 2025
タイトル: Monoclonal antibodies against human TMPRSS2 prevent infection by any SARS-CoV-2 variant.
著者: Michishige Harada / Takehisa Matsumoto / Mizuki Yamamoto / Jin Goda / Akiko Idei / Kenichi Ohtaki / Natsuki Kojima / Natsumi Yoneda / Kosuke Miyauchi / Kazushige Katsura / Mariko Ikeda / ...著者: Michishige Harada / Takehisa Matsumoto / Mizuki Yamamoto / Jin Goda / Akiko Idei / Kenichi Ohtaki / Natsuki Kojima / Natsumi Yoneda / Kosuke Miyauchi / Kazushige Katsura / Mariko Ikeda / Kazuharu Hanada / Yoshiko Ishizuka-Katsura / Toshiaki Hosaka / Tamao Hisano / Toshie Kaizuka / Takako Yamamoto / Masashi Matsuda / Manabu Nakayama / Akiko Sugimoto-Ishige / Machie Sakuma / Rina Hashimoto / Kazuo Takayama / Misako Nakayama / Cong Thanh Nguyen / Hirohito Ishigaki / Yasushi Itoh / Yoshinobu Hashizume / Minoru Yoshida / Yasushi Kawaguchi / Makoto Takeda / Haruhiko Koseki / Mikako Shirouzu / Jun-Ichiro Inoue / Takashi Saito /
要旨: The transmembrane serine protease 2 (TMPRSS2) plays a critical role in SARS-CoV-2 infection by priming the viral Spike (S) protein for host cell entry and thus represents a potential target for COVID- ...The transmembrane serine protease 2 (TMPRSS2) plays a critical role in SARS-CoV-2 infection by priming the viral Spike (S) protein for host cell entry and thus represents a potential target for COVID-19 therapy. Here monoclonal antibodies (mAbs) against human TMPRSS2 were established for therapeutic application. infection by SARS-CoV-2 of cell lines and human lung organoids was strongly inhibited by the TMPRSS2 mAbs. These mAbs inhibited infection of all SARS-CoV-2 variants tested including omicron. mAbs recognized epitopes different from the enzymatic active site and did not inhibit protease activity, suggesting blockade of steric interactions of S protein-ACE2/TMPRSS2. The inhibitory activity of the mAbs was examined in human /-double knock-in mouse and macaque models. Analysis of viral titers and histopathological analysis of the lung in these infected animals indicated that the TMPRSS2 mAb effectively suppressed viral titers and induction of inflammation .
履歴
登録2024年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protease serine 2
L: Fab 752 light chain
H: Fab 752 heavy chain
l: Fab 2228 light chain
h: Fab 2228 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,1585
ポリマ－140,1585
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane protease serine 2 / Serine protease 10


分子量: 43250.609 Da / 分子数: 1 / 変異: 250SSRQSR255 replaced with DDDDDK / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence responsible for TMPRSS2 autoactivation (250SSRQSR255) was substituted with the 6 residues containing an enterokinase cleavage site.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10
発現宿主: Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 (ウイルス)
参照: UniProt: O15393, transmembrane protease serine 2
#2: 抗体 Fab 752 light chain


分子量: 23749.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab 752 heavy chain


分子量: 24654.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab 2228 light chain


分子量: 23919.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Fab 2228 heavy chain


分子量: 24584.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1TMPRSS2 ECD and Fab fragments complexCOMPLEXall0RECOMBINANT
2TMPRSS2COMPLEX#11RECOMBINANT
3Fab 752COMPLEX#2-#31RECOMBINANT
4Fab 2228COMPLEX#4-#51RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
34Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 (ウイルス)136645
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8000 nm
撮影電子線照射量: 50.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正詳細: CTFFind4 and CTFRefine were used within the RELION3.1.3
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80052 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037627
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51910375
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0131047
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441126
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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