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- PDB-9k3m: The structure of Microviridae PJNS001 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9k3m
タイトルThe structure of Microviridae PJNS001
要素
  • Capsid protein F
  • DNA-binding protein J
  • Major spike protein G
キーワードVIRUS / structual proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host process / T=1 icosahedral viral capsid / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Microvirus J protein-like / Microvirus J protein / Major spike protein G / Major spike protein (G protein) / Microviridae F protein / Microviridae F protein superfamily / Capsid protein (F protein) / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Major spike protein G / DNA-binding protein J / Capsid protein F
類似検索 - 構成要素
生物種Microviridae (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Hu, W.L. / Chen, Y.B. / Wei, Y.M. / Gao, Y.
資金援助1件
組織認可番号
Other government23QA1406400
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Functional Insights into Microviridae PJNS001 and PJNS002 target Salmonella
著者: Hu, W.L. / Gao, Y.
履歴
登録2024年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Capsid protein F
G: Major spike protein G
J: DNA-binding protein J
A: Capsid protein F
B: Major spike protein G
C: DNA-binding protein J
D: Capsid protein F
E: Major spike protein G
H: DNA-binding protein J
I: Capsid protein F
K: Major spike protein G
L: DNA-binding protein J
M: Capsid protein F
N: Major spike protein G
O: DNA-binding protein J
P: Capsid protein F
Q: Major spike protein G
R: DNA-binding protein J
S: Capsid protein F
T: Major spike protein G
V: DNA-binding protein J
W: Capsid protein F
X: Major spike protein G
Y: DNA-binding protein J
Z: Capsid protein F
AA: Major spike protein G
BA: DNA-binding protein J
CA: Capsid protein F
DA: Major spike protein G
EA: DNA-binding protein J
FA: Capsid protein F
GA: Major spike protein G
HA: DNA-binding protein J
IA: Capsid protein F
JA: Major spike protein G
KA: DNA-binding protein J
LA: Capsid protein F
MA: Major spike protein G
NA: DNA-binding protein J
OA: Capsid protein F
PA: Major spike protein G
QA: DNA-binding protein J
RA: Capsid protein F
SA: Major spike protein G
TA: DNA-binding protein J
UA: Capsid protein F
VA: Major spike protein G
WA: DNA-binding protein J
XA: Capsid protein F
YA: Major spike protein G
ZA: DNA-binding protein J
AB: Capsid protein F
BB: Major spike protein G
CB: DNA-binding protein J
DB: Capsid protein F
EB: Major spike protein G
FB: DNA-binding protein J
GB: Capsid protein F
HB: Major spike protein G
IB: DNA-binding protein J
JB: Capsid protein F
KB: Major spike protein G
LB: DNA-binding protein J
MB: Capsid protein F
NB: Major spike protein G
OB: DNA-binding protein J
PB: Capsid protein F
QB: Major spike protein G
RB: DNA-binding protein J
SB: Capsid protein F
TB: Major spike protein G
UB: DNA-binding protein J
VB: Capsid protein F
WB: Major spike protein G
XB: DNA-binding protein J
YB: Capsid protein F
ZB: Major spike protein G
AC: DNA-binding protein J
BC: Capsid protein F
CC: Major spike protein G
DC: DNA-binding protein J
EC: Capsid protein F
FC: Major spike protein G
GC: DNA-binding protein J
HC: Capsid protein F
IC: Major spike protein G
JC: DNA-binding protein J
KC: Capsid protein F
LC: Major spike protein G
MC: DNA-binding protein J
NC: Capsid protein F
OC: Major spike protein G
PC: DNA-binding protein J
QC: Capsid protein F
RC: Major spike protein G
SC: DNA-binding protein J
TC: Capsid protein F
UC: Major spike protein G
VC: DNA-binding protein J
WC: Capsid protein F
XC: Major spike protein G
YC: DNA-binding protein J
ZC: Capsid protein F
AD: Major spike protein G
BD: DNA-binding protein J
CD: Capsid protein F
DD: Major spike protein G
ED: DNA-binding protein J
FD: Capsid protein F
GD: Major spike protein G
HD: DNA-binding protein J
ID: Capsid protein F
JD: Major spike protein G
KD: DNA-binding protein J
LD: Capsid protein F
MD: Major spike protein G
ND: DNA-binding protein J
OD: Capsid protein F
PD: Major spike protein G
QD: DNA-binding protein J
RD: Capsid protein F
SD: Major spike protein G
TD: DNA-binding protein J
UD: Capsid protein F
VD: Major spike protein G
WD: DNA-binding protein J
XD: Capsid protein F
YD: Major spike protein G
ZD: DNA-binding protein J
AE: Capsid protein F
BE: Major spike protein G
CE: DNA-binding protein J
DE: Capsid protein F
EE: Major spike protein G
FE: DNA-binding protein J
GE: Capsid protein F
HE: Major spike protein G
IE: DNA-binding protein J
JE: Capsid protein F
KE: Major spike protein G
LE: DNA-binding protein J
ME: Capsid protein F
NE: Major spike protein G
OE: DNA-binding protein J
PE: Capsid protein F
QE: Major spike protein G
RE: DNA-binding protein J
SE: Capsid protein F
TE: Major spike protein G
UE: DNA-binding protein J
VE: Capsid protein F
WE: Major spike protein G
XE: DNA-binding protein J
YE: Capsid protein F
ZE: Major spike protein G
AF: DNA-binding protein J
BF: Capsid protein F
CF: Major spike protein G
DF: DNA-binding protein J
EF: Capsid protein F
FF: Major spike protein G
GF: DNA-binding protein J
HF: Capsid protein F
IF: Major spike protein G
JF: DNA-binding protein J
KF: Capsid protein F
LF: Major spike protein G
MF: DNA-binding protein J
NF: Capsid protein F
OF: Major spike protein G
PF: DNA-binding protein J
QF: Capsid protein F
RF: Major spike protein G
SF: DNA-binding protein J
TF: Capsid protein F
UF: Major spike protein G
VF: DNA-binding protein J
WF: Capsid protein F
XF: Major spike protein G
YF: DNA-binding protein J


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,311,132180
ポリマ-4,311,132180
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein F / F protein / GPF


分子量: 48500.480 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Microviridae (ウイルス) / : PJNS001 / 参照: UniProt: Q2LLZ1
#2: タンパク質 ...
Major spike protein G / G protein / GPG


分子量: 19112.695 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Microviridae (ウイルス) / : PJNS001 / 参照: UniProt: A0A5J6T840
#3: タンパク質・ペプチド ...
DNA-binding protein J / J protein / Small core protein


分子量: 4239.017 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Microviridae (ウイルス) / : PJNS001 / 参照: UniProt: P69592
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Microviridae / タイプ: VIRUS / 詳細: T=1 icosahedral virus / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量: 4.31 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Microviridae (ウイルス) / : PJNS001
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Salmonella
ウイルス殻直径: 290 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: pH 7.2~7.6
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1137 mmol/Lsodium chlorideNaCl1
22.65 mmol/Lpotassium chlorideKCl1
310 mmol/Ldibasic sodium phosphateNa2HPO41
41.75 mmol/Lpotassium dihydrogen phosphateKH2PO41
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.25 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4808
画像スキャン: 5760 / : 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.0.1粒子像選択
2SerialEM4.1.9画像取得
4cryoSPARC4.0.1CTF補正
7PHENIX1.20.1モデルフィッティング
9cryoSPARC4.0.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.0.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.0.1分類
12cryoSPARC4.0.13次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 711275
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16905 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 15.89 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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